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万見
- PDB-6g1z: Crystal structure of a fluorescence optimized bathy phytochrome P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g1z
タイトルCrystal structure of a fluorescence optimized bathy phytochrome PAiRFP2 derived from wild-type Agp2 in its Pfr state.
要素Bacteriophytochrome protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / PHYTOCHROME / BACTERIOPHYTOCHROME / BILIN CHROMOPHORE / PHOTOISOMERIZATION / SIGNAL TRANSDUCTION / PFR-STATE / LIGHT ADAPTATION / BATHY PHYTOCHROME / PHOTOSENSORY CORE MODULE / OPTOGENETIC / FLOURESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / Chem-ETE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Sauthof, L. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
SFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural snapshot of a bacterial phytochrome in its functional intermediate state.
著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, ...著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, N. / Lamparter, T. / Hildebrandt, P. / Scheerer, P.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome protein
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,26530
ポリマ－113,3572
非ポリマー3,90828
水15,367853
1
A: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,33812
ポリマ－56,6791
非ポリマー1,66011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,92718
ポリマ－56,6791
非ポリマー2,24817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.377, 182.377, 179.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

SO4

21A-605-

SO4

31B-602-

SO4

41B-602-

SO4

51B-608-

SO4

61B-608-

SO4

71B-612-

GOL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome protein


分子量: 56678.590 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: SY94_2021 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI81, histidine kinase

-
非ポリマー , 7種, 881分子

#2: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.71 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR - SI-111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→47.73 Å / Num. obs: 113144 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.417 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G1Y

6g1y


解像度: 2.03→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.97 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 5579 4.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 107549 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å2-0.36 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7582 0 244 853 8679
拘束条件タイプ: r_bond_refined_d / Dev ideal: 0.013 / Dev ideal target: 0.02 / 数: 8184
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 431 -
Rwork0.288 7838 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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