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- PDB-6g1y: Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a bath... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g1y
タイトルCrystal structure of the photosensory core module (PCM) of a bathy phytochrome from Agrobacterium fabrum in the Pfr state.
要素(Bacteriophytochrome protein) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHYTOCHROME / BACTERIOPHYTOCHROME / BILIN CHROMOPHORE / PHOTOISOMERIZATION / SIGNAL TRANSDUCTION / PFR STATE / LIGHT ADAPTATION / BATHY PHYTOCHROME / METHYLATION / PHOTOSENSORY CORE MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schmidt, A. / Qureshi, B.M. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
SFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural snapshot of a bacterial phytochrome in its functional intermediate state.
著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, ...著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, N. / Lamparter, T. / Hildebrandt, P. / Scheerer, P.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome protein
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1634
ポリマ－112,9932
非ポリマー1,1692
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.520, 93.360, 174.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISVALVALAA7 - 807 - 80
21HISHISVALVALBB7 - 807 - 80
12ARGARGGLUGLUAA86 - 50186 - 501
22ARGARGGLUGLUBB86 - 50186 - 501

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.998444, 0.032186, 0.045546), (-0.042393, -0.968643, -0.244815), (0.036239, -0.246365, 0.968499)36.13307, 230.75047, 27.80574

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome protein


分子量: 56490.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI81
#2: タンパク質 Bacteriophytochrome protein


分子量: 56503.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI81
#3: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: MPD, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.09 Å / Num. obs: 42806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.622 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C2W

3c2w


解像度: 2.5→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 23.656 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.268 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2050 4.8 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 40755 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7678 0 86 202 7966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.028039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.96910931
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11111loose positional0.375
26157loose positional0.225
11111loose thermal8.8610
26157loose thermal3.6110
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 134 -
Rwork0.316 2966 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90160.18580.8670.22660.07141.17650.0384-0.0329-0.03980.01250.0178-0.02230.05920.1106-0.05620.102-0.0151-0.00210.1383-0.01680.005325.968134.034231.5973
20.72780.275-0.39920.42080.09721.26860.0454-0.06670.00020.0231-0.02330.075-0.0424-0.186-0.02210.07010.00840.00450.15860.02280.025314.570792.533626.8937
30.21650.00630.30980.66040.52561.58410.04170.06780.0057-0.0527-0.0009-0.0101-0.05950.1017-0.04080.05940.00990.00320.11640.00610.003514.025136.2292-7.7165
40.29870.1129-0.26390.8099-0.70181.27690.04360.0821-0.0034-0.0714-0.0141-0.00480.0349-0.1033-0.02950.08060.035-0.00880.12430.0010.003325.957899.6968-12.0746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3A307 - 503
4X-RAY DIFFRACTION4B307 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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