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- PDB-6g13: C-terminal domain of MERS-CoV nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g13
タイトルC-terminal domain of MERS-CoV nucleocapsid
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleocapsid / RNA binding protein / MERS / coronavirus / CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / trimethylamine oxide / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Nguyen, T.H.V. / Ferron, F.P. / Lichiere, J. / Canard, B. / Papageorgiou, N. / Coutard, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structure and oligomerization state of the C-terminal region of the Middle East respiratory syndrome coronavirus nucleoprotein.
著者: Nguyen, T.H.V. / Lichiere, J. / Canard, B. / Papageorgiou, N. / Attoumani, S. / Ferron, F. / Coutard, B.
履歴
登録2018年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,41810
ポリマ－56,9764
非ポリマー4426
水5,585310
1
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8206
ポリマ－28,4882
非ポリマー3314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5994
ポリマ－28,4882
非ポリマー1112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.680, 120.680, 92.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 14244.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D3MU51
#2: 化合物
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium nitrate, 2.2M AmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978714 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→28.69 Å / Num. obs: 55287 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 45.77 Å2 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASERPHENIX 1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JW8

2jw8


解像度: 1.97→69.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2914 5.26 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 55366 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1774 Å20 Å20 Å2
2---5.1774 Å20 Å2
3---10.3549 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→69.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3624 0 35 310 3969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013806HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.995177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1310SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes643HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3806HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion453SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4436SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→1.98 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 -4.33 %
Rwork0.2211 1060 -
all0.221 1108 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59720.43661.14181.48831.06494.3407-0.02960.1498-0.1565-0.01420.1440.03340.02210.7456-0.1144-0.1448-0.0264-0.00560.07780.02-0.0849-43.364135.4192-35.1683
23.05560.8202-1.39531.1909-0.18222.5776-0.1456-0.1592-0.0730.12070.0885-0.11650.10760.22390.0571-0.0924-0.0798-0.02450.1210.0285-0.152-30.154443.3867-10.6955
31.60451.16491.99011.8612.87897.5778-0.09110.5332-0.2524-0.07540.3664-0.13010.35561.4622-0.2752-0.16930.0447-0.00850.1324-0.0392-0.1409-43.765427.4591-48.7132
43.58260.6482-1.60311.6736-0.43942.889-0.4339-0.1461-0.66240.11150.0893-0.15370.8008-0.02210.34470.0367-0.10150.0689-0.00550.0809-0.1465-38.567430.802-6.3081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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