PDB-6g0x: TAILSPIKE PROTEIN OF E. COLI BACTERIOPHAGE HK620 IN COMPLEX WITH ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g0x

タイトル

TAILSPIKE PROTEIN OF E. COLI BACTERIOPHAGE HK620 IN COMPLEX WITH PENTASACCHARIDE

要素

Tail spike protein

キーワード

HYDROLASE / BETA HELIX / PROTEIN-CARBOHYDRATE COMPLEX / PECTIN LYASE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Seckler, R. / Barbirz, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Solvent Networks Tune Thermodynamics of Oligosaccharide Complex Formation in an Extended Protein Binding Site.
著者: Kunstmann, S. / Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Roske, Y. / Heinemann, U. / Santer, M. / Barbirz, S.

履歴

登録	2018年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g0x.cif.gz	262.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g0x.ent.gz	209.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g0x_validation.pdf.gz	846.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g0x_full_validation.pdf.gz	851.6 KB	表示
XML形式データ	6g0x_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	6g0x_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gvpC 6gvrC 2vjiS 2vjj 2x6w 2x6x 2x6y 2x85 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xn3-d 4yej-d 2vjj-d 4xr6-d 4xn0-d 4yel-d 4xot-d 4xle-d 4xop-d 4xl9-d 4xmy-d 4avz-d 2x85-d 4xnf-d 2vbm-d 4xm3-d 2x6w-d 4xla-d 4xlc-d 2vji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

65.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.320, 74.320, 174.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1849- HOH
2	1	A-1894- HOH
3	1	A-1896- HOH
4	1	A-1898- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Tail spike protein

分子量: 64590.270 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAD BINDING, RESIDUES 112-710 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella phage HK620 (ファージ)
プラスミド: PET11D / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYY6

#2: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LRhapa1-6DGlcpa1-4[DGlcpNAcb1-3]DGalpa1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-1-3-4/a3-b1_b3-c1_b4-d1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-L-Rhap]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 813分子

#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 3.5 M SODIUMFORMIATE / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→43.21 Å / Num. obs: 107055 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
XSCALE		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vji

2vji

解像度: 1.41→43.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.407 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.177	5344	5 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
obs	0.149	107054	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→43.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4547	0	102	804	5453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.914	1.93	6765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	10005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.486	5	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.593	24.444	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.736	15	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.652	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.58	0.682	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.58	0.683	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.844	1.025	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.41→1.45 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	349	-
R_work	0.256	6772	-
obs	-	-	89.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6199	-3.8943	6.1529	30.8575	4.9463	22.7349	0.4438	0.1812	-0.1944	-1.8021	-0.311	0.7872	0.1888	0.0265	-0.1328	0.4805	-0.0482	-0.1664	0.8841	0.139	0.2434	33.5308	25.928	-24.0757
2	0.9639	1.374	-0.9175	9.7724	-4.9001	4.4278	-0.0521	0.1819	0.0347	-0.3821	-0.0131	0.0278	0.0917	-0.1526	0.0652	0.1077	0.0029	-0.0099	0.1413	-0.0144	0.0089	32.6439	19.2947	-10.0102
3	0.2252	-0.0149	0.1812	0.785	0.5616	1.4798	-0.0573	0.0735	0.0515	-0.0733	-0.0364	0.0009	-0.1946	-0.0243	0.0937	0.1015	0.0152	-0.0341	0.0625	0.0186	0.0239	34.1392	38.9189	8.5937
4	6.1826	-4.4016	-2.3012	10.0051	3.0087	4.5084	0.0155	0.0236	0.128	-0.0382	-0.124	0.5707	-0.3442	-0.4326	0.1085	0.1627	0.038	-0.0306	0.2279	-0.0025	0.1638	18.3872	42.3504	22.1255
5	0.4798	0.0665	0.0208	0.3906	-0.0166	1.167	-0.0331	0.0185	0.0442	-0.0552	-0.0471	0.0184	-0.1542	-0.0257	0.0802	0.0404	0.0093	-0.0221	0.0079	-0.0019	0.0143	34.6306	39.0287	34.4417
6	1.3436	0.2304	-0.1112	0.5171	0.094	0.7533	-0.03	0.0142	0.1299	-0.0201	-0.008	0.0333	-0.135	-0.0114	0.038	0.0262	0.0014	-0.0118	0.0005	0.0006	0.0158	37.9481	40.4078	53.344
7	11.2583	-0.7175	-2.1916	5.4129	-3.3291	5.3473	0.2461	-0.1779	1.0529	0.2932	-0.0656	-0.0853	-0.7628	0.1931	-0.1805	0.1458	-0.0134	0.0059	0.0189	-0.025	0.1065	32.6108	47.9495	60.4178
8	0.1429	-0.0194	0.0904	0.0289	-0.1076	0.4883	-0.0165	-0.0452	0.0355	0.0263	-0.007	-0.0085	-0.076	0.0226	0.0235	0.0306	-0.0046	-0.0062	0.0208	-0.0086	0.0262	39.9617	36.6108	74.7975
9	2.3022	-1.8929	-0.2516	1.6524	0.4555	0.8579	-0.0705	-0.055	0.2939	0.0201	0.0933	-0.2192	-0.1836	0.1915	-0.0227	0.073	-0.0347	0.0045	0.064	-0.0146	0.056	40.4673	32.9032	86.7852
10	0.7501	0.1168	0.5428	0.0663	-0.1162	1.2483	0.057	0.0001	-0.0427	0.0183	-0.0028	-0.0026	-0.0094	0.0415	-0.0542	0.0252	-0.007	-0.0058	0.0302	-0.0098	0.0329	42.0236	29.6749	93.0747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	111 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	251 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	260 - 453
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	454 - 524
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	525 - 536
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	537 - 650
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	651 - 667
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	668 - 709

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 4種, 813分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-非ポリマー , 4種, 813分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 4種, 813分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)