PDB-4xl9: Tailspike protein mutant D339A of E. coli bacteriophage HK620

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xl9

タイトル

Tailspike protein mutant D339A of E. coli bacteriophage HK620

要素

Tail spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta helix / protein-carbohydrate complex / pectin lyase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Enthalpic cost of water removal from a hydrophobic glucose binding cavity on HK620 tailspike protein.
著者: Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Kunstmann, S. / Santer, M. / Heinemann, U. / Lipowski, R. / Seckler, R. / Barbirz, S.

履歴

登録	2015年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xl9.cif.gz	243.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xl9.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xl9_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xl9_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	4xl9_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	4xl9_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xkvC 4xkwC 4xlaC 4xlcC 4xleC 4xlfC 4xlhC 4xm3SC 4xmyC 4xn0C 4xn3C 4xnfC 4xonC 4xopC 4xorC 4xotC 4xqfC 4xr6C 4yejC 4yelC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xle-1 2x85-1 2vji-1 2vjj-1 6gvr-1 4yej-1 2x6x-1 4xr6-1 4xlc-1 4xnf-1 4xn0-1 4avz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.495, 73.495, 174.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1303- HOH
2	1	A-1331- HOH
3	1	A-1333- HOH
4	1	A-1336- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y+1,x-y,z and -x+y+1,-x+1,z.

#1: タンパク質	Tail spike protein 分子量: 64334.059 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 114-710 / 変異: D339A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ) プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AYY6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 3.5 M Sodiumformiate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→42.93 Å / Num. obs: 35142 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 136596

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.02-2.07	2.4	0.307	2	4958	2044	0.851	0.202	76.3
9.03-42.93	4.8	0.037	17.6	2321	486	0.999	0.017	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XM3

4xm3

解像度: 2.02→42.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.2322 / WR_factor R_work: 0.1722 / FOM work R set: 0.7755 / SU B: 12.36 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.2394 / SU R_free: 0.1966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2432	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.1873	33327	-	-
obs	0.1901	35142	95.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.02 Å² / B_iso mean: 26.399 Å² / B_iso min: 11.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0.34 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→42.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4529	0	12	441	4982
B_iso mean	-	-	26.06	32.43	-
残基数	-	-	-	-	597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.916	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.722	3	9551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.946	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.766	24.286	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.449	15	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.443	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.597	1.736	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.597	1.737	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.998	2.603	2998

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	100	-
R_work	0.248	1942	-
all	-	2042	-
obs	-	-	76.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8046	1.8768	-1.0272	6.5131	-2.3828	2.5167	-0.1301	0.2808	0.0763	-0.5325	0.0354	-0.0097	0.1785	-0.0548	0.0947	0.1467	-0.005	-0.0206	0.1561	-0.0056	0.0249	31.3245	18.4129	-10.5768
2	0.4803	-0.0564	0.3244	0.2696	0.3765	1.7852	-0.077	0.0965	0.0836	-0.0718	-0.0985	-0.0085	-0.3596	-0.0226	0.1755	0.1542	0.0136	-0.0514	0.0864	0.0513	0.0602	33.8481	40.2207	9.8541
3	0.5387	0.0067	0.0537	0.46	-0.0227	1.3619	-0.0499	0.0341	0.0973	-0.0751	-0.0526	0.0442	-0.1968	-0.0336	0.1025	0.0974	0.0059	-0.0398	0.0463	0.0153	0.0749	33.5963	38.8092	33.8488
4	1.426	0.3372	-0.296	0.4692	0.0614	1.2303	0.0168	0.0748	0.1651	-0.0378	-0.0159	0.0557	-0.1489	0.0082	-0.001	0.0928	0.0116	-0.0111	0.0606	0.0212	0.1155	36.5692	40.1704	54.9898
5	0.0383	0.0297	0.0623	0.1612	-0.0985	0.4547	-0.0103	-0.0141	0.0271	0.0201	-0.0058	-0.0299	-0.0619	0.0353	0.0161	0.0377	-0.0051	0.0003	0.0539	-0.0027	0.1286	40.2589	34.1513	80.7041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	142 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	253 - 453
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	454 - 542
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	543 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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