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万見
- PDB-6fzx: LasB, hydroxymate Inhibitor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fzx
タイトルLasB, hydroxymate Inhibitor Complex
要素Keratinase KP2
キーワードHYDROLASE / LasB / hydroxymate Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EEK / Neutral metalloproteinase / Elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationKO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Tackling Pseudomonas aeruginosa Virulence by a Hydroxamic Acid-Based LasB Inhibitor.
著者: Kany, A.M. / Sikandar, A. / Yahiaoui, S. / Haupenthal, J. / Walter, I. / Empting, M. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W.
履歴
登録2018年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Keratinase KP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7326
ポリマ－33,1761
非ポリマー5575
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.727, 52.982, 122.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Keratinase KP2


分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E3ULB4, UniProt: P14756*PLUS

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非ポリマー , 6種, 301分子

#2: 化合物 ChemComp-EEK / ~{N}-(3,4-dichlorophenyl)-~{N}'-oxidanyl-propanediamide


分子量: 263.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8Cl2N2O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 1.8 M AMSO4 and 0.1 M Tris-Cl, pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.738 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.26 Å / Num. obs: 16581 / % possible obs: 95.88 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1112 / Net I/σ(I): 4.46
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.3073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EZM

1ezm


解像度: 2.1→61.26 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 820 4.95 %
Rwork0.179 --
obs0.1808 16573 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→61.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 29 296 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5253260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9841374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23160.30771380.2162491X-RAY DIFFRACTION93
2.2316-2.40390.24881230.19212546X-RAY DIFFRACTION94
2.4039-2.64590.23061270.19182601X-RAY DIFFRACTION96
2.6459-3.02870.20471330.17762586X-RAY DIFFRACTION96
3.0287-3.81580.18861480.15892689X-RAY DIFFRACTION97
3.8158-61.28550.19071510.17292840X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13370.0469-0.09280.0271-0.0620.16420.00240.06770.01830.01520.0226-0.01540.02820.00870.00140.09830.0108-0.0060.10930.00350.100126.432259.77911.0277
20.08430.0205-0.10290.1137-0.06690.1119-0.01130.03060.00850.00460.0110.01440.00250.0120.00050.09470.00410.00080.1160.00130.094721.403159.779713.062
30.01020.02120.00630.0391-0.00630.05330.03050.00610.00970.06880.0715-0.05640.1369-0.11020.02090.10220.0062-0.00190.058-0.00090.09716.561851.614920.9688
40.13170.131-0.02950.3333-0.23810.19230.02970.0057-0.05930.0603-0.0296-0.0062-0.0110.03210.00850.06810.009-0.0030.06630.00610.075518.852649.593627.6123
50.0660.119-0.00380.2818-0.05070.05030.0441-0.05450.04120.21970.04540.3118-0.0205-0.13130.02430.1060.0220.03460.11280.05570.14952.709851.988929.2679
60.0246-0.00850.0090.05620.02890.02040.0782-0.0856-0.13810.08430.04260.09030.1123-0.10960.00730.139-0.0003-0.00820.12360.03390.14296.04943.072331.7721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 156 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 157 through 179 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 180 through 257 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 258 through 278 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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