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- PDB-6fy3: Crystal structure of a V2-directed, RV144 vaccine-like antibody f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fy3
タイトルCrystal structure of a V2-directed, RV144 vaccine-like antibody from HIV-1 infection, CAP228-3D, bound to a heterologous V2 peptide
要素
  • CAP228-3D Heavy Chain
  • CAP228-3D Light Chain
  • CAP45 V2 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 Envelope V1V2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of establishment of T cell polarity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / apoptotic process ...: / positive regulation of establishment of T cell polarity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / apoptotic process / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wibmer, C.K. / Moore, P.L. / Morris, L.
資金援助 米国, 南アフリカ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of HealthAI104387-01 米国
Poliomyelitis Research Foundation15/83 南アフリカ
NHLS Research Trust 南アフリカ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Common helical V1V2 conformations of HIV-1 Envelope expose the alpha 4 beta 7 binding site on intact virions.
著者: Wibmer, C.K. / Richardson, S.I. / Yolitz, J. / Cicala, C. / Arthos, J. / Moore, P.L. / Morris, L.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: CAP228-3D Heavy Chain
Y: CAP228-3D Light Chain
Z: CAP45 V2 peptide
H: CAP228-3D Heavy Chain
L: CAP228-3D Light Chain
P: CAP45 V2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1016
ポリマ－103,1016
非ポリマー00
水3,027168
1
X: CAP228-3D Heavy Chain
Y: CAP228-3D Light Chain
Z: CAP45 V2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5513
ポリマ－51,5513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
H: CAP228-3D Heavy Chain
L: CAP228-3D Light Chain
P: CAP45 V2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5513
ポリマ－51,5513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.360, 43.808, 119.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CAP228-3D Heavy Chain


分子量: 25697.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGHV5-51 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CAP228-3D Light Chain


分子量: 23508.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGLV6-57 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド CAP45 V2 peptide


分子量: 2344.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: CAP45 / 遺伝子: Env / Variant: 2.00.G3 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: C6FX86*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 % / 解説: Rods
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M imidazole HCl (pH6.5), 0.05M HEPES NaOH (pH7.5), 20% PEG8000, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ammonium sulphate, 5% isopropanol, supplemented up to 25% MPD as a cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 33817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13.2998精密化
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HQQ

4hqq


解像度: 2.6→42.867 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1697 5.02 %
Rwork0.2201 --
obs0.2217 33796 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6526 0 0 168 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5969122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3173993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.599-2.67550.27811190.28062452X-RAY DIFFRACTION93
2.6755-2.76180.29711480.26152653X-RAY DIFFRACTION100
2.7618-2.86050.33051430.25732668X-RAY DIFFRACTION100
2.8605-2.9750.27751460.2482668X-RAY DIFFRACTION100
2.975-3.11040.26641320.22692668X-RAY DIFFRACTION100
3.1104-3.27430.27111420.22142647X-RAY DIFFRACTION100
3.2743-3.47940.24851450.222670X-RAY DIFFRACTION100
3.4794-3.74790.22551400.20512699X-RAY DIFFRACTION100
3.7479-4.12470.25811390.19362702X-RAY DIFFRACTION100
4.1247-4.7210.19151420.1732707X-RAY DIFFRACTION100
4.721-5.94540.20321490.20482740X-RAY DIFFRACTION100
5.9454-42.87260.29171520.25632825X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.9625 Å / Origin y: -1.214 Å / Origin z: 15.8981 Å
111213212223313233
T0.3198 Å2-0.0474 Å2-0.0559 Å2--0.0006 Å20.1277 Å2--0.0969 Å2
L2.1356 °20.3437 °2-1.0011 °2-0.573 °20.1404 °2--2.5414 °2
S0.0395 Å °-0.3938 Å °-0.1035 Å °0.0717 Å °-0.0535 Å °-0.1752 Å °-0.3128 Å °0.6789 Å °-0.0195 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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