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- PDB-6fvl: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fvl
タイトルDNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 peptide
要素
  • Beta sliding clamp
  • P7 peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA sliding clamp
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.975 Å
データ登録者Martiel, I. / Andre, C. / Olieric, V. / Guichard, G. / Burnouf, D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
IMMI2014013 フランス
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Peptide Interactions on Bacterial Sliding Clamps.
著者: Andre, C. / Martiel, I. / Wolff, P. / Landolfo, M. / Lorber, B. / Silva da Veiga, C. / Dejaegere, A. / Dumas, P. / Guichard, G. / Olieric, V. / Wagner, J.G. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2018年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
H: P7 peptide
I: P7 peptide
J: P7 peptide
K: P7 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,92232
ポリマ－166,2268
非ポリマー4,69524
水6,846380
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
H: P7 peptide
I: P7 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,28721
ポリマ－83,1134
非ポリマー3,17417
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
2
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
J: P7 peptide
K: P7 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,63511
ポリマ－83,1134
非ポリマー1,5227
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.900, 79.480, 85.317
Angle α, β, γ (deg.)65.83, 75.16, 75.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit


分子量: 40855.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: dnaN, b3701, JW3678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988
#2: タンパク質・ペプチド
P7 peptide


分子量: 700.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: MES 50mM pH 6, CaCl2 50mM PEG400 30% (1 microliter) + Hampton Research PEG Ion kit E6 (1 microliter): 0.2M sodium malonate pH6, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.975→57.055 Å / Num. obs: 76533 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 30.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
5.361-57.0553.50.03132.658080.9990.0270.03799.2
1.975-2.010.7061.11920.2340.6970.99325.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OK7

1ok7


解像度: 1.975→57.055 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 3791 4.95 %
Rwork0.1888 --
obs0.191 76515 65.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.975→57.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11327 0 228 380 11935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02615983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2037293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9755-2.00050.383260.2561125X-RAY DIFFRACTION3
2.0005-2.02680.3134150.2603221X-RAY DIFFRACTION5
2.0268-2.05460.255790.264355X-RAY DIFFRACTION9
2.0839-2.1150.2892330.2742761X-RAY DIFFRACTION20
2.115-2.14810.2649480.24671125X-RAY DIFFRACTION27
2.1481-2.18330.298800.23831351X-RAY DIFFRACTION33
2.1833-2.22090.30231020.23711676X-RAY DIFFRACTION41
2.2209-2.26130.3156870.24051440X-RAY DIFFRACTION35
2.2613-2.30480.26211540.23762571X-RAY DIFFRACTION63
2.3048-2.35190.28561680.24442983X-RAY DIFFRACTION73
2.3519-2.4030.28871910.23423490X-RAY DIFFRACTION85
2.403-2.45890.27381960.23093853X-RAY DIFFRACTION94
2.4589-2.52040.27332200.23374012X-RAY DIFFRACTION97
2.5204-2.58850.29041970.21634029X-RAY DIFFRACTION98
2.5885-2.66470.27421320.21312793X-RAY DIFFRACTION93
2.6647-2.75070.21211260.20272894X-RAY DIFFRACTION95
2.7507-2.8490.2662100.19164068X-RAY DIFFRACTION98
2.849-2.96310.24232190.19033991X-RAY DIFFRACTION98
2.9631-3.09790.2162430.19244032X-RAY DIFFRACTION98
3.0979-3.26130.23171990.18214068X-RAY DIFFRACTION98
3.2613-3.46560.22491760.18283334X-RAY DIFFRACTION80
3.4656-3.73310.21121740.17853658X-RAY DIFFRACTION89
3.7331-4.10870.20831690.16353671X-RAY DIFFRACTION89
4.1087-4.7030.20032170.14634073X-RAY DIFFRACTION99
4.703-5.92430.22742210.17854056X-RAY DIFFRACTION99
5.9243-57.07850.21071990.19394094X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.747 Å / Origin y: 54.4026 Å / Origin z: 9.2347 Å
111213212223313233
T0.2987 Å20.0212 Å2-0.0057 Å2-0.1568 Å2-0.0189 Å2--0.2357 Å2
L0.169 °20.0164 °20.0186 °2--0.0442 °20.0206 °2--0.0438 °2
S0.0088 Å °0.0123 Å °-0.0054 Å °-0.0194 Å °-0.0011 Å °-0.007 Å °-0.0185 Å °-0.0067 Å °-0.009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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