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- PDB-6fv3: Crystal structure of N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate deacetyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fv3
タイトルCrystal structure of N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate deacetylase from Mycobacterium smegmatis.
要素N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
キーワードHYDROLASE / N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate mycobacteria / carbohydrate metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylgalactosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ahangar, M.S. / Furze, C.M. / Guy, C.S. / Cooper, C. / Maskew, K.S. / Graham, B. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust201442/Z/16/A 英国
Wellcome Trust and Royal society104193/Z/14/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M01116X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBM017982/1 英国
Royal SocietyRG120405 英国
Wellcome Trust105627/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional determination of homologs of theMycobacterium tuberculosis N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (NagA).
著者: Ahangar, M.S. / Furze, C.M. / Guy, C.S. / Cooper, C. / Maskew, K.S. / Graham, B. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
C: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
D: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,79012
ポリマ－165,2674
非ポリマー5238
水5,801322
1
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8956
ポリマ－82,6332
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
2
C: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
D: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8956
ポリマ－82,6332
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.450, 86.390, 89.930
Angle α, β, γ (deg.)88.12, 75.58, 69.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase


分子量: 41316.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155
遺伝子: nagA, MSMEG_2119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0QU89, N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: NagA crystals grew in a condition containing 0.12 M monosaccharide mix (Morpheus, Molecular Dimensions), 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000 with the addition of 10 mM CdCl2 additive.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→55.23 Å / Num. obs: 51044 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.58→2.6296 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 555 / CC1/2: 0.434 / Rpim(I) all: 0.902 / Rrim(I) all: 0.059 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P50

2p50


解像度: 2.58→51.951 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 2494 4.89 %
Rwork0.2473 --
obs0.2496 51006 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→51.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10714 0 8 322 11044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95714884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5636490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.62960.4121290.36972745X-RAY DIFFRACTION98
2.6296-2.68330.3821270.35082613X-RAY DIFFRACTION97
2.6833-2.74160.38361530.34392712X-RAY DIFFRACTION98
2.7416-2.80540.35641550.31632680X-RAY DIFFRACTION98
2.8054-2.87560.34911510.31872681X-RAY DIFFRACTION98
2.8756-2.95330.35141550.28892627X-RAY DIFFRACTION98
2.9533-3.04020.33241370.27632714X-RAY DIFFRACTION98
3.0402-3.13830.33691360.28232667X-RAY DIFFRACTION98
3.1383-3.25050.36821330.27572703X-RAY DIFFRACTION98
3.2505-3.38060.38771270.27532722X-RAY DIFFRACTION98
3.3806-3.53440.29281300.27152733X-RAY DIFFRACTION98
3.5344-3.72070.27541370.23642701X-RAY DIFFRACTION98
3.7207-3.95370.28591490.22782708X-RAY DIFFRACTION99
3.9537-4.25890.28061290.21512695X-RAY DIFFRACTION99
4.2589-4.68720.22251380.19162722X-RAY DIFFRACTION98
4.6872-5.36490.24751440.20372698X-RAY DIFFRACTION99
5.3649-6.75680.22741100.21542756X-RAY DIFFRACTION99
6.7568-51.96160.23121540.1952635X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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