PDB-6fuz: Crystal structure of the TPR domain of KLC1 in complex with the C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fuz

タイトル

Crystal structure of the TPR domain of KLC1 in complex with the C-terminal peptide of JIP1

要素

Kinesin light chain 1,Kinesin light chain 1,C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
nanobody

キーワード

MOTOR PROTEIN / Protein complex / nanobody / cargo recognition

機能・相同性

機能・相同性情報

RHO GTPases activate KTN1 / membrane-bounded organelle / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein localization to synapse / MHC class II antigen presentation / axo-dendritic transport / stress granule disassembly / ciliary rootlet / kinesin complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Pernigo, S. / Dodding, M.P. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for isoform-specific kinesin-1 recognition of Y-acidic cargo adaptors.
著者: Pernigo, S. / Chegkazi, M.S. / Yip, Y.Y. / Treacy, C. / Glorani, G. / Hansen, K. / Politis, A. / Bui, S. / Dodding, M.P. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2018年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fuz.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fuz.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fuz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fv0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fv0-d 6i2p-2 4m37-d 5wpz-5 4qf5-2 3bca-d 2wtz-3 5ii4-d 1w5d-d 4yzp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (6)
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類似性 (6)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Kinesin light chain 1,Kinesin light chain 1,C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

N: nanobody

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry, assay for oligomerization, Fluorescence polarisation

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.473, 90.364, 51.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Kinesin light chain 1,Kinesin light chain 1,C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen- ...JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 分子量: 37301.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chains A is a chimeric construct of TPR domain of KLC1 and J the C-terminal peptide of JIP1 fused via a (TGS)10 linker.,Chains A is a chimeric construct of TPR domain of KLC1 and J the C- ...詳細: Chains A is a chimeric construct of TPR domain of KLC1 and J the C-terminal peptide of JIP1 fused via a (TGS)10 linker.,Chains A is a chimeric construct of TPR domain of KLC1 and J the C-terminal peptide of JIP1 fused via a (TGS)10 linker. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: Klc1, Kns2, MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UE59, UniProt: O88447*PLUS
#2: 抗体	nanobody 分子量: 13395.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.04 M potassium phosphate monobasic, 16% PEG8000, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→45.18 Å / Num. obs: 13229 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 94.37 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / R_merge(I) obs: 1.176 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1747 / CC_1/2: 0.584 / R_pim(I) all: 1.067 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→45.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.822 / SU R_free Blow DPI: 0.32 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.333

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	669	5.06 %	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
obs	0.234	13228	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 113.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.0292 Å²	0 Å²	-23.036 Å²
2-	-	-3.6355 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.3937 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→45.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3001	0	6	13	3020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	3060	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	4129	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1091	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		88	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		436	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3060	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.45
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		386	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3493	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.92 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	152	5.64 %
R_work	0.238	2545	-
all	0.238	2697	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3609	2.9876	1.1772	0.0513	1.3179	0.4325	0.0046	-0.0206	-0.1058	0.0105	0.0387	-0.0185	0.0917	-0.1318	-0.0433	-0.4341	-0.313	-0.2126	0.4396	0.0262	-0.5593	47.5862	1.5679	2.8758
2	-0.0499	-2.4903	3.0747	0.475	3.638	2.5648	-0.0536	-0.1548	0.196	0.2074	0.0709	-0.0562	-0.0586	-0.104	-0.0173	-0.2867	-0.2329	0.2323	0.6035	-0.3487	0.1934	47.3924	12.228	-0.7543
3	7.1802	4.6766	-6.3664	9.8144	-5.0572	8.5654	-0.0665	0.0837	-0.1339	-0.1617	-0.0045	-0.4098	0.3344	0.8261	0.071	-0.1837	0.0166	-0.0112	0.3147	0.0333	-0.1931	44.1458	-0.2553	-8.9499
4	11.3382	-4.5442	-2.9252	4.6827	-6.6296	5.3141	-0.0961	0.8269	0.3421	-0.015	-0.0045	0.2288	-0.132	0.0241	0.1006	-0.2281	-0.0229	0.088	0.0964	0.1381	-0.1324	36.5818	4.1298	-11.6006
5	8.5574	-1.2119	-2.1387	0.3203	2.3134	6.7221	-0.1933	0.8585	-0.0611	-0.4944	0.1405	0.0301	0.5006	0.0995	0.0528	-0.0913	-0.1002	0.0405	-0.0759	0.0863	-0.202	31.7752	-3.8179	-7.6994
6	-1.5886	0.3801	4.0186	2.1497	5.0637	6.7135	0.1039	0.6901	-0.2176	-0.0858	0.1087	-0.0203	-0.1526	-0.2233	-0.2126	-0.1778	-0.1007	0.0787	0.3993	0.0251	-0.0874	22.0182	1.99	-10.4728
7	0.7395	2.7315	-1.8794	0.0025	-0.2302	-0.6713	0.0182	-0.0021	-0.1961	-0.0119	0.0429	0.098	0.1742	0.0451	-0.061	-0.1463	0.0343	0.2307	-0.2808	0.1147	-0.0159	25.2209	-8.8966	-2.8823
8	1.2305	-1.0987	-3.5155	3.0183	-0.177	-0.5366	0.0248	-0.0066	-0.3795	0.0009	0.0139	0.0361	0.3897	-0.0499	-0.0387	0.0428	0.1219	0.2729	-0.0237	0.3029	0.312	25.5061	-9.118	3.7772
9	1.7892	-0.7891	0.9738	0.0301	0.8231	3.4337	-0.1058	0.5636	-0.0037	0.1488	-0.1721	0.7954	0.2998	-0.2779	0.278	-0.2601	-0.0469	0.0459	-0.0333	0.2132	0.0826	14.2639	2.3144	-1.3536
10	0.6908	-4.5301	-2.1527	0.2154	1.8813	1.7718	-0.0932	-0.5025	-0.1126	0.7209	-0.1516	0.051	0.1943	0.0198	0.2448	0.0586	0.0074	0.3095	-0.0648	0.2668	-0.1658	20.3104	-3.0155	10.8224
11	1.2888	0.7482	-3.3577	0	2.0979	-0.4766	0.0008	-0.081	0.1686	0.3594	-0.0209	0.0109	-0.0075	0.1814	0.0201	-0.1886	-0.1075	-0.0163	-0.2207	0.2258	-0.1049	22.2161	5.4527	11.3422
12	1.3688	-1.4579	-4.117	6.9711	-0.0272	1.7909	-0.0263	0.4028	0.2187	0.119	0.0694	0.4738	-0.3057	-0.2217	-0.0431	-0.2013	-0.0153	0.088	-0.2579	0.2508	0.1393	11.2838	11.3334	10.9234
13	0.5336	1.655	1.4946	0.1913	-4.014	1.4863	0.0059	-0.1366	0.0387	-0.0285	-0.0525	0.0272	0.0119	0.071	0.0465	0.1533	-0.2277	-0.2652	0.4306	0.254	-0.1448	24.1343	10.7644	25.5831
14	-0.7879	-0.2903	2.2095	0	-2.9304	0.825	-0.0549	-0.1291	0.1733	0.1361	0.1473	-0.1546	-0.0189	0.1514	-0.0924	0.1358	-0.2312	-0.0119	-0.2782	0.0987	-0.0493	16.3021	16.4135	28.6715
15	-0.0825	0.6057	0.1514	0.6966	0.9116	1.0121	-0.0148	-0.0847	0.0222	0.0406	0.0277	0.0405	-0.0098	-0.0448	-0.0129	0.1546	-0.1349	0.1214	-0.0902	0.1364	-0.1217	9.7575	25.0987	24.5893
16	1.877	2.7406	0.0623	3.3385	-0.5203	-0.034	0.0105	0.0732	0.1153	0.0635	0.2095	-0.0041	-0.1355	0.3248	-0.2201	-0.1091	0.0413	-0.035	-0.1558	0.2782	-0.1979	20.3332	18.0083	13.3619
17	0.6908	-0.0072	-1.1011	2.3677	-0.4547	0.5053	-0.0129	0.0778	-0.0008	-0.0179	0.0128	0.1345	-0.0354	0.005	0.0001	-0.0768	0.0422	0.2387	-0.0732	0.2775	0.2379	10.0404	23.5481	11.5781
18	2.0952	1.1794	0.666	1.6879	-4.9158	1.7631	0.0066	-0.0041	0.2246	0.202	0.0447	-0.0836	-0.0398	-0.1392	-0.0514	0.1634	0.1246	0.1226	-0.1989	0.2791	-0.1131	16.0016	26.7438	17.0313
19	0.2376	0.0251	-0.6825	0	0.3347	-0.0598	0.0071	-0.0252	-0.0064	0.0201	0.0371	-0.0034	-0.0203	-0.052	-0.0441	0.044	-0.167	-0.088	-0.0143	-0.1864	0.0848	29.0624	24.0817	15.8698
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21	0.0622	-2.6784	2.1328	0	2.609	0.9346	-0.0209	0.0318	-0.0305	-0.0442	0.0049	-0.1774	0.0581	-0.1313	0.016	0.0904	-0.0977	0.2734	-0.4941	0.062	0.3458	-5.6333	-20.5311	21.4725
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37	0.5965	-1.383	-1.1223	1.7865	-0.9552	1.0202	-0.0057	-0.089	-0.0816	-0.1385	0.0706	0.0951	0.134	0.1896	-0.0649	-0.0296	0.0187	0.2337	-0.5054	0.0964	0.4638	1.9255	-21.4123	20.4
38	7.8141	5.9676	4.1701	2.1278	-0.3584	6.9881	0.0283	-0.0953	0.3202	0.1889	0.0524	0.0757	-0.2578	0.2204	-0.0807	-0.0689	-0.0654	0.0431	-0.1031	0.076	0.0386	23.8425	9.9897	2.3064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|214 - A\|222 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|223 - A\|236 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|245 - A\|266 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|267 - A\|286 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|287 - A\|309 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|310 - A\|322 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|323 - A\|327 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|328 - A\|341 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|342 - A\|360 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|361 - A\|375 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|376 - A\|387 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|388 - A\|409 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|410 - A\|417 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|418 - A\|430 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|431 - A\|435 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|436 - A\|473 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ A\|474 - A\|478 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ A\|479 - A\|490 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ A\|491 - A\|495 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ N\|2 - N\|7 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ N\|8 - N\|14 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ N\|15 - N\|20 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ N\|21 - N\|27 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ N\|28 - N\|32 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ N\|33 - N\|40 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ N\|41 - N\|46 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ N\|47 - N\|52 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ N\|53 - N\|59 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ N\|60 - N\|64 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ N\|65 - N\|70 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ N\|71 - N\|76 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ N\|77 - N\|81 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{ N\|82 - N\|88 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{ N\|89 - N\|94 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{ N\|95 - N\|102 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{ N\|103 - N\|107 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{ N\|108 - N\|113 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{ A\|704 - A\|711 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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