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- PDB-6fuv: Structure of a manno-oligosaccharide specific solute binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fuv
タイトルStructure of a manno-oligosaccharide specific solute binding protein, BlMnBP2 from Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC 27673 in complex with mannotriose
要素Solute Binding Protein, BlMnBP1 in complex with mannotriose
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / beta-mannotriose / Solute Binding Protein
機能・相同性: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Solute Binding Protein, BlMnBP1 in complex with mannotriose
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Ejby, M. / Abou Hachem, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent ResearchDFF-4002-00297 デンマーク
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Two binding proteins of the ABC transporter that confers growth of Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC27673 on beta-mannan possess distinct manno-oligosaccharide-binding profiles.
著者: Ejby, M. / Guskov, A. / Pichler, M.J. / Zanten, G.C. / Schoof, E. / Saburi, W. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute Binding Protein, BlMnBP1 in complex with mannotriose
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4049
ポリマ－47,5871
非ポリマー1,8178
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.170, 64.590, 133.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Solute Binding Protein, BlMnBP1 in complex with mannotriose


分子量: 47586.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI-ProteinID: AGW84383 / 由来: (組換発現) Bifidobacterium (バクテリア) / 遺伝子: Blac_00785
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4V8GZV8*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 482分子

#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Reservoir: 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 M Zn-acetate and 18% PEG 8000 Protein 15 mg/ml in 20 mM MES pH 6.5, 150 mM NaCl + 1 mM Mannotriose. Drops ratio 1/1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.585 Å / Num. obs: 28205 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.027 % / Biso Wilson estimate: 21.25 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.2288 / Rpim(I) all: 0.1501 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 4.45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible allRrim(I) all
2-2.0732.0991.1370.6416570.3880.776553.66
2.1-2.52.8560.71.4298430.61890.70.848
2.5-33.2470.372366240.84899.20.446
3-43.3740.1467.5753800.97699.40.174
4-63.2560.08711.7727970.98998.80.104
6-102.9210.07412.359630.99298.20.09
10-40.5852.920.04418.342890.99695.10.054

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.86 Å40.58 Å
Translation6.86 Å40.58 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→40.585 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 1411 5 %
Rwork0.1783 --
obs0.1819 28200 90.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.17 Å2 / Biso mean: 24.1145 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→40.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 271 475 4092
Biso mean--31.37 29.73 -
残基数----427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0009-2.07240.3206830.26151575165854
2.0724-2.15540.33561030.26221953205667
2.1554-2.25350.33891340.24852549268388
2.2535-2.37230.31871530.21612910306399
2.3723-2.52090.29041540.191629193073100
2.5209-2.71550.26391540.177229193073100
2.7155-2.98870.20331530.17312912306599
2.9887-3.4210.25651570.15829793136100
3.421-4.30930.20031560.12842972312899
4.3093-40.59320.22391640.17993101326598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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