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- PDB-6fuf: Crystal structure of the rhodopsin-mini-Go complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fuf
タイトルCrystal structure of the rhodopsin-mini-Go complex
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
  • Rhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR Complex Rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / vesicle docking involved in exocytosis / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / regulation of heart contraction / phototransduction / mu-type opioid receptor binding / photoreceptor outer segment / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / locomotory behavior / muscle contraction / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / heterotrimeric G-protein complex / cell-cell junction / Ca2+ pathway / gene expression / cell body / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / GTPase activity / dendrite / GTP binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Rhodopsin / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.117 Å
データ登録者Tsai, C.-J. / Weinert, T. / Muehle, J. / Pamula, F. / Nehme, R. / Flock, T. / Nogly, P. / Edwards, P.C. / Carpenter, B. / Gruhl, T. ...Tsai, C.-J. / Weinert, T. / Muehle, J. / Pamula, F. / Nehme, R. / Flock, T. / Nogly, P. / Edwards, P.C. / Carpenter, B. / Gruhl, T. / Ma, P. / Deupi, X. / Standfuss, J. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X.
資金援助 スイス, 英国, 5件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_153145 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_173335 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_173335 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_159558 スイス
European Research CouncilEMPSI, 339995 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of rhodopsin in complex with a mini-Gosheds light on the principles of G protein selectivity.
著者: Tsai, C.J. / Pamula, F. / Nehme, R. / Muhle, J. / Weinert, T. / Flock, T. / Nogly, P. / Edwards, P.C. / Carpenter, B. / Gruhl, T. / Ma, P. / Deupi, X. / Standfuss, J. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
B: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6244
ポリマ－60,1192
非ポリマー5062
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel-filtrated sample shows the components for complex assembly in SDS-PAGE. It is a heterodimer of chains A and B in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.359, 151.359, 96.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 35800.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RHO / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 24317.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09471
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.23 % / 解説: Rod/needle up to 1 cm long 5-30 micron thick
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5 10-20% PEG4000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
51001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンSLS X06SA21
シンクロトロンSLS X06SA31
シンクロトロンSLS X06SA41
シンクロトロンSLS X06SA51
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2017年5月14日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2017年5月14日
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2017年5月14日
DECTRIS EIGER X 16M4PIXEL2017年5月16日
DECTRIS EIGER X 16M5PIXEL2017年5月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
31
41
51
反射解像度: 3.02→49.544 Å / Num. obs: 14856 / % possible obs: 57.99 % / 冗長度: 37.3 % / Biso Wilson estimate: 91.8 Å2 / CC1/2: 0.9997 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 9.416
反射 シェル解像度: 3.02→3.508 Å / 冗長度: 30.7 % / Rmerge(I) obs: 5.087 / Mean I/σ(I) obs: 1.937 / Num. unique obs: 719 / CC1/2: 0.8612 / Rpim(I) all: 0.93 / Rrim(I) all: 5.172 / % possible all: 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A4M, 5G53

4a4m

5g53


解像度: 3.117→49.544 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 1479 9.96 %
Rwork0.2568 --
obs0.2592 14851 65.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 208.72 Å2 / Biso mean: 93.4663 Å2 / Biso min: 22.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.117→49.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3973 0 35 0 4008
Biso mean--124.13 --
残基数----497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1169-3.21750.3516140.341185995
3.2175-3.33250.3053220.353320522711
3.3325-3.46590.3438370.30234638319
3.4659-3.62360.3731540.304153358729
3.6236-3.81460.3311200.28471108122859
3.8146-4.05340.34931930.26871770196397
4.0534-4.36620.29592080.23618672075100
4.3662-4.80530.26622050.213718292034100
4.8053-5.49990.25862060.230418652071100
5.4999-6.92620.30642170.298918642081100
6.9262-49.55010.2462030.262319002103100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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