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- PDB-6fu3: Structure of the mixed-valence, active form, of cytochrome c pero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fu3
タイトルStructure of the mixed-valence, active form, of cytochrome c peroxidase from obligate human pathogenic bacterium Neisseria gonorrhoeae
要素Protein CcpR
キーワードELECTRON TRANSPORT / Neisseria gonorrhoeae / bacterial peroxidase / ROS detoxification
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c551 peroxidase / Cytochrome C peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Carvalho, A.L. / Romao, M.J. / Pauleta, S. / Nobrega, C.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaRECI/BBB-BEP/0124/2012 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BQB/29442/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mixed-valence, active form, of cytochrome c peroxidase from obligate human pathogenic bacterium Neisseria gonorrhoeae
著者: Carvalho, A.L. / Romao, M.J. / Pauleta, S. / Nobrega, C.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / database_2 / diffrn / entity / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.version / _struct_conn_type.id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand geometry
詳細: A LINK instruction was added to the coordinate file to assure covalent binding of the type c heme to the protein. A final refinement step was performed using PDB-REDO.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CcpR
B: Protein CcpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7898
ポリマ－75,2352
非ポリマー2,5546
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.942, 88.780, 93.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein CcpR


分子量: 37617.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
遺伝子: ccpA, WHOF_00612, WHOF_02054, WHOG_00329, WHOG_02247C, WHOK_00254, WHOK_02247C, WHOL_00503, WHOL_01944C, WHOM_00704, WHOM_02256C, WHON_00634, WHON_02251C, WHOO_00344, WHOO_01926, WHOP_ ...遺伝子: ccpA, WHOF_00612, WHOF_02054, WHOG_00329, WHOG_02247C, WHOK_00254, WHOK_02247C, WHOL_00503, WHOL_01944C, WHOM_00704, WHOM_02256C, WHON_00634, WHON_02251C, WHOO_00344, WHOO_01926, WHOP_00646, WHOP_02256C, WHOU_00764, WHOU_02329C, WHOV_00550, WHOV_02317C, WHOW_00232, WHOW_02310C, WHOX_00887, WHOX_02246C, WHOY_00586, WHOY_02329C, WHOZ_00270, WHOZ_02318C
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D3HIT0, UniProt: Q5F5Z9*PLUS, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% 5/4 PO/OH and 0.1M MES pH6.0 in the presence of 2mM CaCl2, 10mM sodium ascorbate and 0.2mM FMN, using a 20mg/mL protein solution previously incubated with calcium, sodium ascorbate and FMN.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月4日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→64.3 Å / Num. obs: 61589 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1565 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.8398 / Num. unique obs: 2299

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PROTEUMデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VHD

2vhd


解像度: 1.8→23.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.836 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2436 2997 5 %RANDOM
Rwork0.20769 ---
obs0.20946 57511 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 174 524 5760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0185424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0195006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1981.9187383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2282.73811554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6223.841276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66315883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0071526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1180.9522628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1190.952619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.761.4163268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.761.4173269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6671.2682796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6631.2682794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9051.764112
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.16712.6386548
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.11412.1566423
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 230 -
Rwork0.394 4141 -
obs--98.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71980.73240.5651.47860.37690.72740.0117-0.0836-0.05580.05110.0087-0.20880.0120.0275-0.02040.02360.0184-0.00840.0436-0.00650.041527.16442.31233.58
21.25170.823-0.05632.2461-0.10480.38330.0211-0.0611-0.04420.0844-0.01110.1445-0.0132-0.0297-0.010.02350.01750.00820.03950.02060.0336-9.22440.50932.188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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