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万見
- PDB-6fsw: Structure of Archaeoglobus fulgidus SBDS protein at 1.9 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fsw
タイトルStructure of Archaeoglobus fulgidus SBDS protein at 1.9 Angstrom
要素Ribosome maturation protein SDO1-like protein
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / SBDS / conformational flexibility
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic ribosome assembly
類似検索 - 分子機能
SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II ...SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II / SBDS protein, C-terminal domain / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) N-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #240 / EF-G domain III/V-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ribosome maturation protein SDO1 homolog / Ribosome maturation protein SDO1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mazzorana, M. / Foadi, J. / Siliqi, D. / Sanchez-Puig, N.
資金援助 メキシコ, イタリア, 英国, 3件
組織認可番号国
CONACyT283909 メキシコ
Ministero degli Affari Esteri e dalla Cooperazione InternazionalePGR2014-2017 イタリア
Diamond Light SourceMX11690-13 英国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2018
タイトル: Conformational flexibility of proteins involved in ribosome biogenesis: investigations via Small Angle X-ray Scattering (SAXS)
著者: Siliqi, D. / Foadi, J. / Mazzorana, M. / Altamura, D. / Mendez Godoy, A. / Sanchez Puig, N.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation protein SDO1-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9092
ポリマ－26,8031
非ポリマー1061
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.810, 44.520, 54.710
Angle α, β, γ (deg.)75.08, 84.52, 69.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation protein SDO1-like protein


分子量: 26803.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_1041, XD48_1723 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A101DZV9, UniProt: O29759*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol; 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2- Propanol; 0.02M 1,4-Butanediol; 0.02M 1,3-Propanediol;0.05 M Imidazole; 0.05 M MES; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→36.71 Å / Num. obs: 28569 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Rsym value: 0.648

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T95

1t95


解像度: 1.9→36.708 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 1034 4.76 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1983 21716 95.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 7 81 1941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8242545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1131674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.00020.30911430.26992898X-RAY DIFFRACTION94
2.0002-2.12550.2821630.24712892X-RAY DIFFRACTION93
2.1255-2.28960.28331500.25042922X-RAY DIFFRACTION94
2.2896-2.51990.27951400.23182965X-RAY DIFFRACTION96
2.5199-2.88440.28651580.22892973X-RAY DIFFRACTION96
2.8844-3.63360.24851480.21352999X-RAY DIFFRACTION97
3.6336-36.71490.16891320.15223033X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98370.68060.15251.36370.58740.9449-0.0677-0.09260.2126-0.0336-0.02010.0388-0.0697-0.02210.00010.214-0.00130.01650.3418-0.04360.280315.554211.11377.8944
21.71371.18390.38390.2060.13060.58-0.03190.2508-0.18890.01020.1721-0.1276-0.0810.1892-00.2829-0.0308-0.01230.3426-0.00970.282524.302313.407310.0893
30.76920.321-0.06381.79650.39111.45380.1962-0.2321-0.2385-0.1409-0.01510.18450.233-0.1797-0.00010.3522-0.0224-0.0410.2880.01530.3131.996-3.3123-10.1117
40.1325-0.90071.78311.949-0.16792.1547-0.14760.0566-0.18030.3290.11640.3493-0.1803-0.0810.00120.34060.03850.06140.24130.04960.3473-12.859512.5626-25.1209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 236 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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