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- PDB-1p9q: Structure of a hypothetical protein AF0491 from Archaeoglobus fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9q
タイトルStructure of a hypothetical protein AF0491 from Archaeoglobus fulgidus
要素Hypothetical protein AF0491仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic ribosome assembly
類似検索 - 分子機能
SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II ...SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / Alpha-Beta Plaits - #240 / EF-G domain III/V-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation protein SDO1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Savchenko, A. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein family is involved in RNA metabolism.
著者: Savchenko, A. / Krogan, N. / Cort, J.R. / Evdokimova, E. / Lew, J.M. / Yee, A.A. / Sanchez-Pulido, L. / Andrade, M.A. / Bochkarev, A. / Watson, J.D. / Kennedy, M.A. / Greenblatt, J. / Hughes, ...著者: Savchenko, A. / Krogan, N. / Cort, J.R. / Evdokimova, E. / Lew, J.M. / Yee, A.A. / Sanchez-Pulido, L. / Andrade, M.A. / Bochkarev, A. / Watson, J.D. / Kennedy, M.A. / Greenblatt, J. / Hughes, T. / Arrowsmith, C.H. / Rommens, J.M. / Edwards, A.M.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Hypothetical protein AF0491


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1781
ポリマ－29,1781
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.875, 44.254, 61.418
Angle α, β, γ (deg.)92.74, 118.02, 109.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AF0491 / 仮説


分子量: 29177.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
遺伝子: AF0491 / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29759
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
解説: F(+) AND F(-) WERE PROCESSED AND COUNTED AS INDEPENDENT REFLECTIONS (SCALE ANOMALOUS KEY IN SCALEPACK)
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Sodium acetate, PEG 3350, Ethylene Glycole, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 7.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 35721 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.166 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SnB+ PHASES + SHARP位相決定
ARP/wARP5.1 + CNS 1.1モデル構築
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: None

解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ARP/WARP 5.1 was also used for refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1752 9.8 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-19377 --
obs-17817 91.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 55.7286 Å2 / ksol: 0.350447 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.58 Å26.28 Å27.18 Å2
2--4.05 Å214.82 Å2
3---0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 0 145 1979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.633
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.024
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.214
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.215.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 215 8.4 %
Rwork0.376 2337 -
obs--79.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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