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万見
- PDB-1t95: Crystal Structure of the Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t95
タイトルCrystal Structure of the Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome Protein Orthologue from Archaeoglobus fulgidus
要素Hypothetical protein AF0491
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome Protein Orthologue
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic ribosome assembly
類似検索 - 分子機能
SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II ...SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II / SBDS protein, C-terminal domain / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) N-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #240 / EF-G domain III/V-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation protein SDO1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shammas, C. / Warren, A.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and mutational analysis of the SBDS protein family. Insight into the leukemia-associated Shwachman-Diamond Syndrome.
著者: Shammas, C. / Menne, T.F. / Hilcenko, C. / Michell, S.R. / Goyenechea, B. / Boocock, G.R. / Durie, P.R. / Rommens, J.M. / Warren, A.J.
履歴
登録2004年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400COMPOUND THERE ARE SIX ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN THAT CORRESPOND TO A ...COMPOUND THERE ARE SIX ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN THAT CORRESPOND TO A HIS-TAG. THUS THE RESIDUE NUMBERED 11 IN THE COORDINATE SECTION OF THE FILE ACTUALLY CORRESPONDS TO RESIDUE 5 IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein AF0491


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7181
ポリマ－27,7181
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.668, 44.448, 54.720
Angle α, β, γ (deg.)75.87, 85.61, 69.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AF0491


分子量: 27718.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF0491 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O29759
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 8000, CHES, DTT, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97920, 0.979289, 0.891971
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.9792891
30.8919711
反射解像度: 1.9→52.71 Å / Num. obs: 22129

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.629 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 1095 5.1 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
all0.255 ---
obs0.21358 20479 95.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20.53 Å2-0.1 Å2
2--1.67 Å2-2.85 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 0 66 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.9732440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88933986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3115229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3320.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3191.51143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41821841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7043665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3424.5599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.299 48
Rwork0.313 1144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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