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万見
- PDB-6frm: Crystal Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA) co-crystalliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6frm
タイトルCrystal Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA) co-crystallized with 10 mM Tb-Xo4
要素Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tb-Xo4 / crystallophore / FprA / nucleation / phasing / anomalous
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tb-Xo4 / : / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / TERBIUM(III) ION / F420H2 oxidase (FprA)
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Engilberge, S. / Riobe, F. / Wagner, T. / Di Pietro, S. / Shima, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-BS07-0007-01 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Unveiling the Binding Modes of the Crystallophore, a Terbium-based Nucleating and Phasing Molecular Agent for Protein Crystallography.
著者: Engilberge, S. / Riobe, F. / Wagner, T. / Di Pietro, S. / Breyton, C. / Franzetti, B. / Shima, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
履歴
登録2018年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
B: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
C: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
D: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
E: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
F: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
G: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
H: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,75253
ポリマ－369,9388
非ポリマー7,81445
水28,4821581
1
A: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
B: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
C: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
D: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,85826
ポリマ－184,9694
非ポリマー3,89022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area54490 Å2
手法PISA
2
E: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
F: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
G: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
H: Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,89427
ポリマ－184,9694
非ポリマー3,92523
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area54210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.170, 147.875, 146.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Coenzyme F420H2 oxidase (FprA)


分子量: 46242.230 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
参照: UniProt: A0A452CSW8*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 1626分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#4: 化合物
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: FprA native (about 90 % pure) at 43 g/l + 10 mM Xo4, crystallized at 291 K under anaerobic condition (95% N2 / 5% H2) in Combiclover Junior plate from Jena Bioscience. The protein was ...詳細: FprA native (about 90 % pure) at 43 g/l + 10 mM Xo4, crystallized at 291 K under anaerobic condition (95% N2 / 5% H2) in Combiclover Junior plate from Jena Bioscience. The protein was crystallized by mixing 1 ul protein of this mix with 1 ul of the mother liquor containing 20% w/v PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate and 10 % v/v 2-propanol. Prior to freezing in liquid nitrogen, the crystal was soaked for few seconds in a cryo-protected solution containing: 20% w/v PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate, 10 % v/v 2-propanol, 25 % v/v glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→48.69 Å / Num. obs: 181493 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 44.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / Rpim(I) all: 0.534

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OHH

2ohh


解像度: 2.2→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 8913 4.99 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 178580 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0461 Å20 Å22.1485 Å2
2--0.7493 Å20 Å2
3---2.2968 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25515 0 343 1609 27467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0126503HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1635806HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9227SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3966HARMONIC12
X-RAY DIFFRACTIONt_it26503HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3340SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31186SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 591 4.96 %
Rwork0.3666 11315 -
all0.3679 11906 -
obs--89.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4483-0.14010.19791.2657-0.54790.92080.0644-0.0359-0.01390.1368-0.0645-0.1732-0.05850.2480.00010.0686-0.0612-0.00340.2581-0.0156-0.1948-46.08125.585134.4243
20.44010.4207-0.07951.0624-0.33410.95640.03640.1424-0.0382-0.0777-0.0261-0.11460.14530.244-0.01030.03150.04870.04090.3047-0.0443-0.192-48.81346.33652.3659
30.57290.1226-0.23640.548-0.43771.62-0.00030.1685-0.0623-0.02250.05390.11790.2748-0.2489-0.05350.1113-0.08540.0220.2236-0.0359-0.1841-83.9205-4.803918.1839
40.66120.06670.20.7464-0.1581.27710.01670.04170.22130.0748-0.03850.1596-0.3158-0.13930.02180.12730.01710.07180.1621-0.007-0.1383-78.906826.788324.6494
50.4160.38520.10611.11160.36990.6112-0.03130.14910.005-0.12520.01090.12050.0276-0.08370.02030.0592-0.02860.02070.25090.0289-0.1501-102.00743.9517-70.6233
60.397-0.237-0.00831.19050.37840.6507-0.006-0.0394-0.03320.0985-0.04410.16540.151-0.11160.05010.0581-0.0520.08810.23130.0274-0.1326-104.52084.6714-38.7751
70.381-0.0831-0.14420.80840.5831.19590.00490.0033-0.13170.13510.0442-0.09310.24880.1879-0.04920.15480.0770.01850.1930.0189-0.1637-71.322-15.4728-48.187
80.33470.10490.29260.63840.42531.4285-0.04590.10040.0562-0.02910.0768-0.0866-0.08520.2184-0.03090.0361-0.02130.04780.26340.0252-0.1432-67.211616.4192-54.8176
90.09060.08280.13470.1203-0.00620.47360.0090.0360.00430.0142-0.00720.02340.06040.0734-0.00190.06250.00750.0620.16820.0055-0.1182-75.39955.4974-16.6514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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