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- PDB-6fre: Crystal structure of G-1F/H73A mutant of Ssp DnaB Mini-Intein var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fre
タイトルCrystal structure of G-1F/H73A mutant of Ssp DnaB Mini-Intein variant M86
要素Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase
キーワードSPLICING / intein / protein splicing / Hint domain fold / pre-splicing form
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Popp, M.A. / Blankenfeldt, W. / Friedel, K. / Mootz, H.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationMO1073/3-2 ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: A functional interplay between intein and extein sequences in protein splicing compensates for the essential block B histidine.
著者: Friedel, K. / Popp, M.A. / Matern, J.C.J. / Gazdag, E.M. / Thiel, I.V. / Volkmann, G. / Blankenfeldt, W. / Mootz, H.D.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9101
ポリマ－18,9101
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.583, 52.583, 118.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-249-

HOH

21A-355-

HOH

31A-372-

HOH

41A-429-

HOH

51A-438-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量: 18909.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
遺伝子: dnaB, slr0833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55418, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % PEG8000, 0.1 % protamine sulfate, 2 mM HEPES pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→48.05 Å / Num. obs: 49184 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 51.9 % / Biso Wilson estimate: 14.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.22-1.2451.33.18223320.6990.4353.21295.8
6.68-48.05430.0483980.9990.0080.04999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2733精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MI8

1mi8


解像度: 1.22→48.05 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 2474 5.03 %
Rwork0.175 --
obs0.1757 49157 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.3 Å2 / Biso mean: 26.1934 Å2 / Biso min: 7.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.22→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 0 248 1442
Biso mean---35.09 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9341877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.419536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.22-1.24350.281400.28652462260295
1.2435-1.26890.29541430.26972483262696
1.2689-1.29650.25471340.26612492262696
1.2965-1.32660.25521250.25042532265796
1.3266-1.35980.25491380.23532503264196
1.3598-1.39660.22951530.22362515266897
1.3966-1.43770.23051070.21762566267397
1.4377-1.48410.22251210.21162565268697
1.4841-1.53710.23581250.20622559268497
1.5371-1.59870.16811370.18842589272698
1.5987-1.67140.1981380.18412559269798
1.6714-1.75950.21571490.18652613276298
1.7595-1.86980.17591150.1792636275199
1.8698-2.01420.21291460.17192622276899
2.0142-2.21690.18081480.16562656280499
2.2169-2.53760.18891300.16262695282599
2.5376-3.1970.19491470.164827382885100
3.197-48.090.15181780.149528983076100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0204-0.01910.00070.0146-0.00510.02750.0870.1228-0.0573-0.1012-0.1-0.04190.0236-0.039-0.00550.13430.0363-0.01350.1183-0.00870.1211-13.121714.65464.4401
20.03760.0109-0.02440.2106-0.05230.0268-0.029-0.04640.0426-0.0452-0.0567-0.46830.12710.2487-0.02380.1050.0540.01250.15950.04130.19630.114813.066710.967
30.00430.02850.02340.21860.1680.13110.0318-0.0851-0.06810.17920.0558-0.0370.1452-0.01620.0540.15060.04650.02820.15720.07370.1387-12.31416.044221.0059
40.00390.00450.00320.02630.00210.01510.0389-0.1555-0.18140.00140.053-0.1141-0.0066-0.05080.00420.1840.10040.0290.16290.07080.169-7.1034.361517.7612
50.20140.1268-0.07230.0992-0.07410.0628-0.1255-0.01660.07120.16040.0733-0.08960.06830.0239-0.0180.21010.0732-0.01120.1044-0.00620.102-12.35822.258610.2908
60.01360.01690.01310.0342-0.00020.0249-0.0249-0.0180.01750.03960.02820.1212-0.0592-0.1716-0.01350.11510.05810.02050.14920.02470.1128-22.233416.698612.8333
70.21720.05730.06930.2704-0.01950.03350.0131-0.12270.05250.1283-0.02320.157-0.0741-0.0049-0.01660.20280.21390.05710.2403-0.00230.0959-17.503718.171724.5066
80.0006-0.0088-0.00070.0149-0.01330.0051-0.0241-0.07990.0330.0562-0.00860.0091-0.0461-0.0821-0.08620.28370.21980.12430.177-0.05380.0197-18.517323.643721.4234
90.1058-0.028-0.01870.0316-0.00040.0452-0.0359-0.0318-0.0147-0.0312-0.0069-0.14430.03350.0288-0.01410.1220.03360.01410.09280.00430.1045-11.484814.265310.665
100.01340.00760.02550.04880.0350.04110.03120.1408-0.1742-0.12060.03550.0320.115-0.01140.05270.2632-0.02670.0070.1528-0.07350.1435-14.12193.05860.1661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -5 through 6 )A-5 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 7 through 28 )A7 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 38 )A29 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 46 )A39 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 47 through 69 )A47 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 70 through 86 )A70 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 87 through 117 )A87 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 128 )A118 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 129 through 153 )A129 - 153
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 154 through 163 )A154 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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