PDB-6fr8: HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fr8

タイトル

HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope PKYVKQNTLKLAT presented by Human Leukocyte Antigen HLA-DR0101

要素

T-Cell Receptor HA1.7 alpha Chain
T-Cell Receptor HA1.7 beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human T Cell Receptor / Human Leukocute Antigen / Influenza Haemagglutinin epitope / 3D structure

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2018年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fr8.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fr8.ent.gz	153.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fr8_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fr8_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	6fr8_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	6fr8_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4C 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh8SC 6eh9C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr7C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fr7-d 6eh8-d 6fr9-d 4jfh-d 4gkz-d 6fr6-d 6fr4-d 2eyt-1 4zdh-d 2eyr-d 6eh7-d 6fup-d 6eh6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T-Cell Receptor HA1.7 alpha Chain

B: T-Cell Receptor HA1.7 beta Chain

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.530, 49.880, 72.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	T-Cell Receptor HA1.7 alpha Chain 分子量: 22362.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	T-Cell Receptor HA1.7 beta Chain 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M KSCN,0.1M Bis-Tris, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→69.34 Å / Num. obs: 19994 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.101 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1444 / R_rim(I) all: 1.638 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EH8

6eh8

解像度: 2.38→69.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 27.531 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27844	1019	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22195	-	-	-
obs	0.22493	18937	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	-0.91 Å²
2-	-	3.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.38→69.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3505	0	5	31	3541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.939	1.942	4932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.087	3	7502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.596	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.07	24.235	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.005	15	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.5	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.598	1.525	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.598	1.525	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.078	2.285	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.078	2.285	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.751	1.561	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.555	1.548	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.907	2.302	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.76	17.183	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.759	17.188	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	76	-
R_work	0.328	1352	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9365	-0.0081	-0.5255	3.8362	-0.2661	7.9531	-0.0975	0.0764	0.046	0.2176	0.0115	0.0478	-0.1167	-0.0665	0.086	0.323	-0.0161	0.0817	0.0027	-0.0017	0.587	67.5715	4.2939	36.2862
2	8.28	-1.3172	-0.0723	4.3836	-0.1674	6.0647	-0.0874	0.236	-0.3634	-0.243	0.1057	-0.1618	0.3431	0.4226	-0.0183	0.7567	-0.0497	0.0865	0.6213	-0.0409	0.5317	87.4504	1.9368	6.5604
3	6.9645	-2.7006	-1.4255	4.7989	2.1268	3.7043	-0.1444	-0.1121	0.227	0.2187	0.2048	-0.3601	-0.0102	0.9833	-0.0604	0.3871	0.0082	0.0584	0.4118	0.0458	0.4942	87.7895	8.4755	47.3693
4	2.9009	-0.6121	3.11	1.8466	-0.5871	7.0812	-0.2836	0.0394	0.1245	-0.2139	0.1259	-0.2484	-0.4342	0.8203	0.1577	0.5798	-0.163	0.183	0.7569	-0.0421	0.6546	95.9821	11.9563	17.6248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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