PDB-6fr7: HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fr7

タイトル

HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope PKYVKQNTLKLAT presented by Human Leukocyte Antigen HLA-DR0101

要素

T-Cell Receptor alpha chain
T-cell Rceceptor beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human T Cell Receptor / Human Leukocute Antigen / Influenza Haemagglutinin epitope / 3D structure

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2018年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fr7.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fr7.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4C 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh8SC 6eh9C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fr8-d 6eh7-d 6c68-1 6eh8-d 4gkz-d 6fr9-d 6eh6-d 3vxt-2 4jfh-d 6fr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T-Cell Receptor alpha chain

B: T-cell Rceceptor beta Chain

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.350, 49.850, 72.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	T-Cell Receptor alpha chain 分子量: 22510.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	T-cell Rceceptor beta Chain 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M KSCN, 0.1M Bis-Tris, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→72.53 Å / Num. obs: 21302 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1562 / R_rim(I) all: 1.077 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EH8

6eh8

解像度: 2.31→72.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 22.135 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27707	1094	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21917	-	-	-
obs	0.2222	20191	96.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	-0 Å²	-0.63 Å²
2-	-	3.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→72.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3516	0	14	59	3589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.943	4956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	7512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.678	5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.231	24.244	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.195	15	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.585	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.307	0.95	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.307	0.95	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.557	1.422	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.557	1.423	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.572	1.001	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.263	0.968	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.447	1.439	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.994	10.835	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.923	10.766	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	75	-
R_work	0.316	1482	-
obs	-	-	96.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0588	0.0821	-0.0444	3.1514	0.2355	8.7757	-0.0685	0.0907	0.0439	0.1822	-0.0368	0.1344	-0.2189	-0.1917	0.1053	0.2925	-0.0147	0.0088	0.0081	-0.0009	0.5488	-7.7375	5.7698	108.7021
2	7.4439	-0.4036	-0.8	4.0517	-0.029	4.9301	-0.0246	0.1936	-0.286	-0.2712	0.0165	-0.3576	0.2122	0.4996	0.0081	0.6205	-0.0502	-0.0093	0.6646	-0.0155	0.5319	11.9819	3.743	78.7268
3	5.2909	-2.9528	-1.3335	4.9823	1.763	3.1825	-0.1847	-0.0694	0.2654	0.2282	0.1596	-0.4541	-0.1999	1.1284	0.0251	0.3263	-0.0785	-0.0838	0.5235	0.1018	0.5102	12.2851	9.9178	119.9129
4	2.965	-0.5291	2.0943	1.5771	-0.2214	4.4914	-0.2168	-0.1988	0.1441	-0.2369	0.0486	-0.2482	-0.2826	0.3869	0.1682	0.4679	-0.1777	0.0213	0.8247	-0.0207	0.5855	20.4904	13.5431	90.1248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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