PDB-6fr3: 003 TCR Study of CDR Loop Flexibility

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fr3

タイトル

003 TCR Study of CDR Loop Flexibility

要素

003 TCR Alpha Chain
003 TCR Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / 003 TCR / CDR Flexibility / 3D Structure / MHC Class I

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2018年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fr3.cif.gz	212.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fr3.ent.gz	168 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fr3_validation.pdf.gz	486.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fr3_full_validation.pdf.gz	506.5 KB	表示
XML形式データ	6fr3_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6fr3_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4SC 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh8C 6eh9C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr7C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fr4-d 6eh5-d 3skn-3 3qjf-2 6fr5-d 6fup-d 4nqc-4 3sjv-2 4ei6-1 6eh4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 003 TCR Alpha Chain

B: 003 TCR Beta Chain

ヘテロ分子

52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.060, 81.380, 64.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	003 TCR Alpha Chain 分子量: 22241.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	003 TCR Beta Chain 分子量: 27451.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Pact Premier solution A04: 0.1 M SPG Buffer, pH 7.0, 25% PEG w/v 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50.69 Å / Num. obs: 95658 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.35→1.385 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Num. unique obs: 6641 / CC_1/2: 0.752 / R_rim(I) all: 0.587 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EH4

6eh4

解像度: 1.35→50.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.915 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19744	4793	5 %	RANDOM
R_work	0.16498	-	-	-
obs	0.16662	90837	97.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.011 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.35→50.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3497	0	170	486	4153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.02	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.341	1.96	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.046	3.001	8486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.842	5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.805	24.574	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.192	15	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.232	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.237	0.988	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.221	0.985	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.923	1.479	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.93	1.482	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	1.343	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.327	1.343	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.031	1.827	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.564	10.493	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.564	10.503	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	334	-
R_work	0.257	6304	-
obs	-	-	92.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3238	0.1328	-0.1467	1.0691	-0.5725	2.0485	-0.0534	-0.0907	0.0365	0.1136	-0.049	-0.028	0.0146	0.0251	0.1024	0.0239	-0.0041	-0.0092	0.0261	-0.0038	0.0611	-16.3053	-7.5938	16.0129
2	2.0513	-1.4337	0.3825	3.55	-0.5822	1.5908	0.0454	0.1932	-0.1138	-0.1335	0.0554	0.2055	0.0596	-0.1203	-0.1008	0.0081	-0.0054	-0.0019	0.0958	-0.0054	0.0454	-0.4308	-25.058	-9.3841
3	1.4639	-0.7295	-0.0684	2.7895	0.2964	1.5937	-0.0588	-0.1351	0.1287	-0.0458	0.0239	0.0583	-0.0059	-0.1406	0.0349	0.0418	0.0027	-0.0115	0.0485	-0.0125	0.0251	1.2629	-12.8347	29.1285
4	1.2823	-0.3224	0.6131	1.395	-0.8391	3.6733	-0.0141	0.1151	-0.0712	0.1881	0.0341	0.0183	0.1394	-0.0346	-0.02	0.0468	0.0011	0.0053	0.0175	-0.0119	0.0131	11.887	-21.7917	2.7291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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