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- PDB-6fqb: MurT/GatD peptidoglycan amidotransferase complex from Streptococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqb
タイトルMurT/GatD peptidoglycan amidotransferase complex from Streptococcus pneumoniae R6
要素
  • Cobyric acid synthase
  • Mur ligase family protein
キーワードLIGASE / Mur family / amidotransferase / cytosolic
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing) / carbon-nitrogen ligase activity on lipid II / acid-amino acid ligase activity / glutaminase / cobalamin biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape ...lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing) / carbon-nitrogen ligase activity on lipid II / acid-amino acid ligase activity / glutaminase / cobalamin biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT, C-terminal / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT / MurT ligase C-terminal / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase / Cobyric acid synthase, glutamine amidotransferase type 1 / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / CobBQ-type GATase domain profile. / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT, C-terminal / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT / MurT ligase C-terminal / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase / Cobyric acid synthase, glutamine amidotransferase type 1 / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / CobBQ-type GATase domain profile. / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD / Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Morlot, C. / Contreras-Martel, C. / Leisico, F. / Straume, D. / Peters, K. / Hegnar, O.A. / Simon, N. / Villard, A.M. / Breukink, E. / Gravier-Pelletier, C. ...Morlot, C. / Contreras-Martel, C. / Leisico, F. / Straume, D. / Peters, K. / Hegnar, O.A. / Simon, N. / Villard, A.M. / Breukink, E. / Gravier-Pelletier, C. / Le Corre, L. / Vollmer, W. / Pietrancosta, N. / Havarstein, L.S. / Zapun, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
INSERM-Astra Zeneca フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the essential peptidoglycan amidotransferase MurT/GatD complex from Streptococcus pneumoniae.
著者: Morlot, C. / Straume, D. / Peters, K. / Hegnar, O.A. / Simon, N. / Villard, A.M. / Contreras-Martel, C. / Leisico, F. / Breukink, E. / Gravier-Pelletier, C. / Le Corre, L. / Vollmer, W. / ...著者: Morlot, C. / Straume, D. / Peters, K. / Hegnar, O.A. / Simon, N. / Villard, A.M. / Contreras-Martel, C. / Leisico, F. / Breukink, E. / Gravier-Pelletier, C. / Le Corre, L. / Vollmer, W. / Pietrancosta, N. / Havarstein, L.S. / Zapun, A.
履歴
登録2018年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mur ligase family protein
E: Cobyric acid synthase
B: Mur ligase family protein
F: Cobyric acid synthase
C: Mur ligase family protein
G: Cobyric acid synthase
D: Mur ligase family protein
H: Cobyric acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,23412
ポリマ－324,6508
非ポリマー5854
水00
1
A: Mur ligase family protein
E: Cobyric acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3093
ポリマ－81,1622
非ポリマー1461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26350 Å2
手法PISA
2
B: Mur ligase family protein
F: Cobyric acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3093
ポリマ－81,1622
非ポリマー1461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
3
C: Mur ligase family protein
G: Cobyric acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3093
ポリマ－81,1622
非ポリマー1461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
4
D: Mur ligase family protein
H: Cobyric acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3093
ポリマ－81,1622
非ポリマー1461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)288.430, 288.430, 115.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14E
24F
15E
25G
16E
26H
17B
27C
18B
28D
19F
29G
110F
210H
111C
211D
112G
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERAA43 - 43861 - 456
21SERSERSERSERBC43 - 43861 - 456
12SERSERSERSERAA43 - 43861 - 456
22SERSERSERSERCE43 - 43861 - 456
13SERSERARGARGAA43 - 43961 - 457
23SERSERARGARGDG43 - 43961 - 457
14METMETALAALAEB1 - 2471 - 247
24METMETALAALAFD1 - 2471 - 247
15METMETALAALAEB1 - 2471 - 247
25METMETALAALAGF1 - 2471 - 247
16METMETALAALAEB1 - 2471 - 247
26METMETALAALAHH1 - 2471 - 247
17SERSERSERSERBC43 - 43861 - 456
27SERSERSERSERCE43 - 43861 - 456
18SERSERSERSERBC43 - 43861 - 456
28SERSERSERSERDG43 - 43861 - 456
19METMETALAALAFD1 - 2471 - 247
29METMETALAALAGF1 - 2471 - 247
110METMETALAALAFD1 - 2471 - 247
210METMETALAALAHH1 - 2471 - 247
111SERSERALAALACE43 - 43761 - 455
211SERSERALAALADG43 - 43761 - 455
112METMETALAALAGF1 - 2471 - 247
212METMETALAALAHH1 - 2471 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Mur ligase family protein / UDP-N-acetylmuramyl peptide synthase / UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase / Mur ligase


分子量: 51940.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: A4260_05845, ERS019420_00606, ERS020535_00125, ERS021368_00525, ERS022199_00743, ERS043879_01366
プラスミド: pET30-HAT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star
参照: UniProt: A0A0B7LND9, UniProt: Q8DNZ9*PLUS, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質
Cobyric acid synthase / Glutamine amidotransferase


分子量: 29222.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: A4260_05840, AWW74_09320, CHL72_09035, CIT24_04835, CS877_04020, CSH34_00860, ERS003549_02292, ERS019166_00428, ERS019416_00232, ERS019420_00605, ERS019499_01955, ERS019595_01427, ...遺伝子: A4260_05840, AWW74_09320, CHL72_09035, CIT24_04835, CS877_04020, CSH34_00860, ERS003549_02292, ERS019166_00428, ERS019416_00232, ERS019420_00605, ERS019499_01955, ERS019595_01427, ERS020136_01107, ERS020137_00292, ERS020140_00887, ERS020142_00808, ERS020143_01959, ERS020147_00746, ERS020148_00821, ERS020178_04008, ERS020408_00223, ERS020474_01302, ERS020521_00204, ERS020522_00778, ERS020523_00656, ERS020524_01042, ERS020526_00540, ERS020526_04035, ERS020527_01973, ERS020528_00148, ERS020541_00600, ERS020692_00332, ERS020827_01405, ERS020831_02169, ERS021300_01369, ERS021447_05442, ERS021629_07046, ERS021762_02260, ERS021858_02776, ERS022045_06260, ERS022071_00358, ERS022199_00742, ERS022232_05365, ERS022363_01901, ERS022390_00924, ERS044004_01668, ERS068943_01580, ERS232497_02277, ERS232498_04930, ERS232508_01880, ERS409064_00176, ERS558328_00424, SAMEA1026345_00620, SAMEA2626854_01213, SAMEA2626872_01126
プラスミド: pET30-HAT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star
参照: UniProt: A0A062WUX3, UniProt: Q8DNZ8*PLUS, EC: 6.3.5.10
#3: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.2 M tri-sodium citrate pH 6.1 14% PEG 3350 4 mM NiSO4
PH範囲: 6.0-6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 68725 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 11055 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 22.948 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22809 6854 10 %RANDOM
Rwork0.18923 ---
obs0.19315 61871 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 86.337 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å2-1.33 Å20 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3---8.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19687 0 40 0 19727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01920115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.95927279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.994342415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83352483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53425.152986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33153307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3811581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.23043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7198.60410004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7188.60410003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.67612.89412463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.67612.89412464
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7799.04710108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.91613.40914817
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.63421684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.63421685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A230460.08
12B230460.08
21A231180.06
22C231180.06
31A232080.07
32D232080.07
41E161160.06
42F161160.06
51E161020.07
52G161020.07
61E160220.07
62H160220.07
71B229260.07
72C229260.07
81B228500.08
82D228500.08
91F160620.06
92G160620.06
101F160020.07
102H160020.07
111C229680.08
112D229680.08
121G160080.08
122H160080.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.575 497 -
Rwork0.511 4588 -
obs--96.73 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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