PDB-6fpv: A llama-derived JBP1-targeting nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fpv

タイトル

A llama-derived JBP1-targeting nanobody

要素

Nanobody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / JBP1 / llama

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

van Beusekom, B. / Adamopoulos, A. / Heidebrecht, T. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Characterization and structure determination of a llama-derived nanobody targeting the J-base binding protein 1.
著者: van Beusekom, B. / Heidebrecht, T. / Adamopoulos, A. / Fish, A. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

履歴

登録	2018年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fpv.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fpv.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fpv_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fpv_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	6fpv_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6fpv_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ezjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kdg-d 2l84-d 4pug-1 4a5v-d 6vsv-d 5lng-3 3rrq-d 5fm4-2 4of6-1 5e2x-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nanobody

B: Nanobody

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.680, 57.680, 64.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: 抗体	Nanobody 分子量: 16636.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: CA12626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.3M Citric acid pH 3.5; 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日 / 詳細: CRL

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→49.95 Å / Num. obs: 40857 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 210220

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.47-1.52	5.1	1.382	3942	0.541	0.674	1.541	98.4
5.69-49.95	5.5	0.04	709	0.997	0.018	0.044	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.47 Å	49.95 Å
Translation	1.47 Å	49.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
REFMAC	refmac_5.8.0208	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
ARP/wARP	7.6	モデル構築
Coot	0.8.8	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ezj

3ezj

解像度: 1.64→49.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Matrix type: sparse / SU B: 4.045 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	1463	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.1646	28065	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.2 Å² / B_iso mean: 29.323 Å² / B_iso min: 11.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.64→49.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	18	154	2016
B_iso mean	-	-	40.89	36.3	-
残基数	-	-	-	-	243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.658	1.936	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3.002	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.92	5.089	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.231	23.871	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.863	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.299	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	439

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.683	0.275	106	0.258	2061	2170	99.862	0.245
1.683-1.729	0.303	88	0.23	2045	2136	99.86	0.2
1.729-1.779	0.248	142	0.211	1954	2096	100	0.181
1.779-1.833	0.204	91	0.185	1891	1983	99.95	0.15
1.833-1.893	0.245	112	0.174	1839	1951	100	0.144
1.893-1.96	0.216	84	0.169	1798	1882	100	0.141
1.96-2.034	0.206	80	0.161	1734	1814	100	0.143
2.034-2.116	0.211	86	0.16	1684	1770	100	0.144
2.116-2.21	0.199	106	0.161	1593	1700	99.941	0.15
2.21-2.318	0.196	68	0.166	1516	1584	100	0.155
2.318-2.443	0.196	76	0.177	1433	1509	100	0.169
2.443-2.591	0.209	60	0.167	1403	1463	100	0.164
2.591-2.769	0.169	38	0.155	1323	1361	100	0.157
2.769-2.99	0.187	64	0.147	1185	1249	100	0.153
2.99-3.275	0.195	64	0.146	1087	1151	100	0.158
3.275-3.659	0.182	64	0.149	984	1048	100	0.166
3.659-4.222	0.168	31	0.148	895	927	99.892	0.174
4.222-5.161	0.138	50	0.13	735	788	99.619	0.16
5.161-7.26	0.178	36	0.189	583	619	100	0.22
7.26-49.952	0.349	17	0.202	318	335	100	0.246

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7358	-0.0124	-0.402	1.0884	-0.2746	1.4022	0.0137	0.0286	0.1059	-0.0461	-0.0074	0.039	0.1253	-0.1971	-0.0063	0.0737	-0.0317	0.0018	0.1124	-0.0053	0.0086	52.1702	6.5112	6.082
2	1.933	-0.0361	-1.1298	1.4135	-0.0172	2.212	-0.0289	0.0908	-0.0196	-0.1403	-0.0211	0.0316	0.2292	-0.273	0.05	0.0915	-0.0433	-0.0086	0.111	-0.0059	0.0044	52.0804	4.5795	2.7697
3	3.0359	-0.7179	-1.968	1.8521	-0.001	3.1212	-0.1057	0.1211	-0.284	0.0843	-0.024	0.2997	0.149	-0.1999	0.1297	0.0227	-0.018	0.0103	0.0662	-0.0254	0.0725	29.9846	8.0219	26.4134
4	3.1258	-1.5841	-0.477	1.8043	0.7497	2.9073	-0.1235	0.0736	-0.0886	-0.167	-0.0641	0.2413	0.1174	-0.1763	0.1876	0.086	-0.0315	-0.0177	0.0853	-0.0405	0.0746	31.1641	10.1336	22.8121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	22 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	91 - 142

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