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- PDB-5e2x: The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Tai Fore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e2x
タイトルThe crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Tai Forest) nucleoprotein
要素NP
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
P40 nucleoprotein, subdomain 2, Borna disease virus / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tai Forest ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Baker, L.E. / Handing, K.B. / Derewenda, U. / Utepbergenov, D. / Derewenda, Z.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-14-C-0006 米国
University of Virginia research and development committee 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2016
タイトル: Molecular architecture of the nucleoprotein C-terminal domain from the Ebola and Marburg viruses.
著者: Baker, L.E. / Ellena, J.F. / Handing, K.B. / Derewenda, U. / Utepbergenov, D. / Engel, D.A. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / : 2014
タイトル: The structure of the C-terminal domain of the Zaire ebolavirus nucleoprotein.
著者: Dziubanska, P.J. / Derewenda, U. / Ellena, J.F. / Engel, D.A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2015年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年10月21日ID: 5CII
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NP
B: NP
C: NP
D: NP
E: NP
F: NP
G: NP
H: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,03912
ポリマ-97,3818
非ポリマー1,6584
11,962664
1
A: NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1731
ポリマ-12,1731
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5872
ポリマ-12,1731
非ポリマー4141
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5872
ポリマ-12,1731
非ポリマー4141
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1731
ポリマ-12,1731
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5872
ポリマ-12,1731
非ポリマー4141
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5872
ポリマ-12,1731
非ポリマー4141
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1731
ポリマ-12,1731
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1731
ポリマ-12,1731
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
B: NP
D: NP
ヘテロ分子

A: NP

C: NP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5196
ポリマ-48,6904
非ポリマー8292
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
10
F: NP
G: NP
ヘテロ分子

E: NP
ヘテロ分子

H: NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5196
ポリマ-48,6904
非ポリマー8292
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.847, 60.075, 73.547
Angle α, β, γ (deg.)69.150, 68.930, 89.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
NP


分子量: 12172.624 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 641-739) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tai Forest ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: NP / プラスミド: Parallel1-MBPHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: B8XCN6
#2: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.64
詳細: Crystallization conditions: 10% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl/HEPES pH 8.64. 1:1 ratio of precipitant solution to protein, with a protein concentration of 5.0 mg/mL. There was a 1.5 M NaCl alternative reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48426 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.009 / Net I/av σ(I): 12.376 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 103077
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1420.31621240.7890.2990.4360.65184.6
2.14-2.1820.26822600.850.2530.370.60689.4
2.18-2.2220.25122960.8880.2370.3460.67191.6
2.22-2.262.10.2223860.9210.2050.3010.64293.8
2.26-2.312.10.20824290.9260.1940.2850.67796.2
2.31-2.372.10.19224160.9380.1790.2630.67697.1
2.37-2.422.20.1924760.9270.1770.2610.66997.4
2.42-2.492.20.17424450.9460.160.2370.68597.6
2.49-2.562.20.14324760.9660.1320.1950.68397.9
2.56-2.652.20.12624680.9710.1160.1720.77697.9
2.65-2.742.20.10424800.9770.0960.1420.7697.6
2.74-2.852.20.09824560.9730.0910.1340.92997.8
2.85-2.982.20.07624680.9850.0710.1040.9397.9
2.98-3.142.20.06724660.9870.0620.0911.0698.2
3.14-3.332.20.05924810.9870.0550.0811.27998
3.33-3.592.20.04924630.9910.0460.0681.43797.7
3.59-3.952.10.04724780.990.0440.0641.64898
3.95-4.522.10.04524350.990.0430.0621.87697
4.52-5.72.10.04224700.9920.0390.0571.73498.1
5.7-502.20.03824530.9950.0350.0521.63597.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
SBC-Collectデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QB0
解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.2484 / WRfactor Rwork: 0.1813 / FOM work R set: 0.7658 / SU B: 14.89 / SU ML: 0.202 / SU R Cruickshank DPI: 0.2839 / SU Rfree: 0.2268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 2235 4.7 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1946 45777 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.08 Å2 / Biso mean: 41.867 Å2 / Biso min: 19.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20.17 Å2-0.64 Å2
2---1.22 Å2-0.83 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6732 0 73 664 7469
Biso mean--47.4 44.77 -
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.9369486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894314517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2715788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13224.811397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.126151180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3491524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2791.9473170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2751.9473169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3282.8993949
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 161 -
Rwork0.272 3086 -
all-3247 -
obs--87.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.25938.5008-1.99724.7928-1.57251.04750.04070.19850.8191-0.02590.1180.46690.0717-0.0327-0.15880.19330.0146-0.0490.1806-0.00590.2887-6.96762.54634.431
26.6214-2.16470.46956.2573-1.50283.1120.05810.183-0.1476-0.199-0.1024-0.05940.12070.02340.04420.09720.00050.03430.07380.01040.18455.39866.35539.231
36.01620.32442.24045.3724-2.63568.51180.02520.5443-0.1276-0.33720.00320.08330.2313-0.0671-0.02840.0783-0.0079-0.00530.064-0.02150.227417.08862.41135.295
45.2605-0.2122-3.13596.1482.599912.2899-0.2255-0.6498-0.50560.37830.0102-0.65780.42170.36950.21540.07370.0368-0.01490.09440.04920.216525.67565.05142.394
56.1543-1.34022.334211.2608-3.70671.82850.02460.0670.28980.1258-0.1281-0.1524-0.0210.08160.10350.11070.04520.05460.12250.02050.243735.56266.00838.765
612.4229-2.11812.62952.9964-0.22756.630.02370.36760.7042-0.1359-0.138-0.1846-0.2052-0.1160.11420.1449-0.04930.02360.05890.00320.230627.23976.96239.96
78.0331-4.52020.00564.36112.64383.8602-0.25720.27760.4901-0.0474-0.20370.0306-0.2947-0.04670.4610.1211-0.0649-0.03090.1470.00920.253125.78175.39845.252
84.16880.3075-2.19255.59782.40896.06090.26580.21510.3033-0.1469-0.0179-0.0999-0.1994-0.3891-0.24780.08850.01750.00720.07390.02970.227818.9971.42237.918
96.78225.26223.822425.7325-4.491122.28940.33830.953-0.85730.5319-0.157-0.2307-0.77030.2121-0.18140.21420.03090.0470.2418-0.10670.344665.92754.99734.836
107.35665.2873-1.164915.44741.49090.65360.17190.13540.5891-0.61240.0537-0.294-0.1717-0.0043-0.22570.2988-0.03570.00340.20330.08290.170455.90751.12634.093
113.627-0.46880.5547.33952.55862.28010.03120.09510.1122-0.118-0.0624-0.0711-0.07360.00880.03110.0861-0.0030.01770.10250.01760.176950.56449.36239.545
1210.96662.82067.50469.34255.753711.4353-0.15690.87260.1602-0.36780.36290.0474-0.49570.4183-0.20610.0664-0.0150.06620.16150.09310.204641.91555.58534.893
137.27390.98741.8642.8765-0.45041.8918-0.0757-0.31420.10550.0785-0.03160.1373-0.0612-0.1690.10720.08490.0210.02560.06240.01680.201432.74453.6740.365
145.5142-3.02131.07113.4998-3.93125.72090.0617-0.3911-0.17390.29740.28980.5894-0.1023-0.4311-0.35140.1232-0.03670.00820.1131-0.04380.253920.35748.47240.313
1518.0947-8.9276-9.84954.9024.792210.4064-0.01890.1271-0.6161-0.02230.00850.12360.79030.22470.01040.267-0.0282-0.0560.0928-0.03180.327631.09836.77539.538
164.48271.89270.19044.0369-1.90784.32010.04780.0857-0.2993-0.05940.11060.11370.33110.0457-0.15850.0936-0.00120.02180.0280.02380.226234.57944.27740.537
1759.5618-16.7715-0.341719.37361.63870.1654-0.1235-2.7668-2.9893-2.43050.11350.5846-0.2644-0.03940.010.86890.28760.04950.53070.51320.58117.90528.0254.945
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41X-RAY DIFFRACTION41F639 - 645
42X-RAY DIFFRACTION42F646 - 653
43X-RAY DIFFRACTION43F654 - 667
44X-RAY DIFFRACTION44F668 - 685
45X-RAY DIFFRACTION45F686 - 702
46X-RAY DIFFRACTION46F703 - 713
47X-RAY DIFFRACTION47F714 - 718
48X-RAY DIFFRACTION48F719 - 739
49X-RAY DIFFRACTION49G639 - 645
50X-RAY DIFFRACTION50G646 - 652
51X-RAY DIFFRACTION51G653 - 661
52X-RAY DIFFRACTION52G662 - 672
53X-RAY DIFFRACTION53G673 - 690
54X-RAY DIFFRACTION54G691 - 710
55X-RAY DIFFRACTION55G711 - 718
56X-RAY DIFFRACTION56G719 - 739
57X-RAY DIFFRACTION57H639 - 646
58X-RAY DIFFRACTION58H647 - 654
59X-RAY DIFFRACTION59H655 - 676
60X-RAY DIFFRACTION60H677 - 690
61X-RAY DIFFRACTION61H691 - 701
62X-RAY DIFFRACTION62H702 - 714
63X-RAY DIFFRACTION63H715 - 719
64X-RAY DIFFRACTION64H720 - 739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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