[日本語] English
万見
- PDB-6fpc: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-2) from Paenibacillu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fpc
タイトルStructure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-2) from Paenibacillus alvei
要素PRO-PRO endopeptidase
キーワードHYDROLASE / Endopeptidase / Metalloprotease / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pro-Pro endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus alvei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Weeks, S.D. / Klychnikov, O.I. / Hensbergen, P.J. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of a new Pro-Pro endopeptidase, PPEP-2, provides mechanistic insights into the differences in substrate specificity within the PPEP family.
著者: Klychnikov, O.I. / Shamorkina, T.M. / Weeks, S.D. / van Leeuwen, H.C. / Corver, J. / Drijfhout, J.W. / van Veelen, P.A. / Sluchanko, N.N. / Strelkov, S.V. / Hensbergen, P.J.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PRO-PRO endopeptidase
B: PRO-PRO endopeptidase
C: PRO-PRO endopeptidase
D: PRO-PRO endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,77636
ポリマ－84,5954
非ポリマー3,18032
水10,845602
1
A: PRO-PRO endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5515
ポリマ－21,1491
非ポリマー4034
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PRO-PRO endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9369
ポリマ－21,1491
非ポリマー7878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PRO-PRO endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,33613
ポリマ－21,1491
非ポリマー1,18712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PRO-PRO endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9529
ポリマ－21,1491
非ポリマー8038
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.900, 84.900, 113.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
PRO-PRO endopeptidase / PPEP-2


分子量: 21148.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus alvei (バクテリア)
遺伝子: PAV_1c07830 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: K4ZRC1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
由来: (組換発現) Paenibacillus alvei (バクテリア)
株: DSM 29 / 遺伝子: PAV_1c07830 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS / 参照: Pro-Pro endopeptidase
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.2 M Ammonium Sulphate 0.2 M Cadmium Sulphate, 0.01 M Zinc Chloride pH 9.0 adjusted with Ammonium hydroxide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→113.27 Å / Num. obs: 80890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 30.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→84.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2136 2.65 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 80730 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3356 Å20 Å20 Å2
2---0.3356 Å20 Å2
3---0.6712 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→84.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 0 88 602 6296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015800HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.987882HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1947SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes965HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5800HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion752SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7338SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 155 2.58 %
Rwork0.2107 5847 -
all0.2109 6002 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7771-0.0225-0.10751.16780.00561.05170.0398-0.08960.23270.06340.01-0.125-0.06840.0857-0.0498-0.08070.01150.0206-0.0465-0.0268-0.0026-1.9676-17.81184.7455
20.9629-0.1445-0.28611.1918-0.41741.0481-0.0863-0.0539-0.02720.0121-0.0049-0.13270.1630.14770.0912-0.03930.02710.0135-0.02440.0128-0.06659.9887-42.4454-7.2434
30.99860.35480.09390.9572-0.0710.5772-0.06490.21450.1102-0.15020.12690.09970.067-0.098-0.062-0.0709-0.0051-0.00520.04140.0325-0.0814-7.2579-26.1804-30.0918
40.06680.4317-0.3351.8972-0.59260.3430.03290.0143-0.05340.1513-0.05130.18240.00380.00640.0184-0.0211-0.0110.0328-0.0390.0055-0.0124-22.0385-44.18229.1938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - 215 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|31 - 216 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|29 - 216 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|30 - 215 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る