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- PDB-6fpb: Crystal structure of anti-mTFP1 DARPin 1238_G01 in space group I4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fpb
タイトルCrystal structure of anti-mTFP1 DARPin 1238_G01 in space group I4
要素DARPin 1238_G01
キーワードDE NOVO PROTEIN / Darpin / protein binder / designed ankyrin repeat protein
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.617 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Vigano, M.A. / Bieli, D. / Matsuda, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Affolter, M. / Maier, T.
引用ジャーナル: Biol Open / 年: 2018
タイトル: DARPins recognizing mTFP1 as novel reagents forin vitroandin vivoprotein manipulations.
著者: Vigano, M.A. / Bieli, D. / Schaefer, J.V. / Jakob, R.P. / Matsuda, S. / Maier, T. / Pluckthun, A. / Affolter, M.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin 1238_G01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4002
ポリマ－17,3651
非ポリマー351
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.224, 66.224, 77.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 DARPin 1238_G01


分子量: 17364.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQiq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 2 M NaCl, 10% PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.617→46.827 Å / Num. obs: 41912 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.617→1.72 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4096 / CC1/2: 0.746 / Rrim(I) all: 0.935 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2131: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YDY

4ydy


解像度: 1.617→46.827 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1746 2097 5 %
Rwork0.1514 --
obs0.1526 41912 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.617→46.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1197 0 1 196 1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0171658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.235733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6175-1.65510.34541290.33652498X-RAY DIFFRACTION92
1.6551-1.69650.32141420.30422668X-RAY DIFFRACTION100
1.6965-1.74240.3731410.26062682X-RAY DIFFRACTION100
1.7424-1.79360.24421370.24582657X-RAY DIFFRACTION100
1.7936-1.85150.25551410.21322656X-RAY DIFFRACTION100
1.8515-1.91770.29061410.20582652X-RAY DIFFRACTION100
1.9177-1.99450.19551410.18242711X-RAY DIFFRACTION100
1.9945-2.08530.19281360.16682639X-RAY DIFFRACTION100
2.0853-2.19520.21751440.16042691X-RAY DIFFRACTION100
2.1952-2.33270.18051440.15762685X-RAY DIFFRACTION100
2.3327-2.51280.17081430.14742672X-RAY DIFFRACTION100
2.5128-2.76570.1671390.1442652X-RAY DIFFRACTION99
2.7657-3.16580.14421420.14652648X-RAY DIFFRACTION100
3.1658-3.98830.1521340.12472646X-RAY DIFFRACTION99
3.9883-46.84710.15871430.13642658X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.89842.6189-0.50081.9542-0.40250.12010.00720.07740.2298-0.0250.07610.065-0.505-0.1248-0.19210.3948-0.0972-0.00440.37160.03880.32414.476421.161417.3917
27.94035.0903-3.92926.5747-3.73076.5976-0.19570.11410.2107-0.84090.25240.44440.4104-0.3858-0.09840.3604-0.05570.00960.34870.04320.298814.120616.11029.0542
30.37590.1916-0.40522.9045-1.79631.970.0053-0.01840.0477-0.1309-0.1694-0.259-0.03280.48270.13760.2053-0.0579-0.00280.36680.02380.289819.79466.419225.3596
41.1035-0.0393-0.15421.697-0.12390.7750.099-0.2785-0.02920.4528-0.3144-0.25240.24450.60770.06980.30680.0095-0.06570.44160.08960.313219.2565-6.301940.6573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 25 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 161 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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