PDB-6fp8: mTFP1/DARPin 1238_E11 complex in space group C2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fp8

タイトル

mTFP1/DARPin 1238_E11 complex in space group C2

要素

DARPin1238_E11
GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Darpin / protein binder / designed ankyrin repeat protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Clavularia sp. (無脊椎動物)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.855 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Vigano, M.A. / Bieli, D. / Matsuda, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Affolter, M. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Biol Open / 年: 2018
タイトル: DARPins recognizing mTFP1 as novel reagents forin vitroandin vivoprotein manipulations.
著者: Vigano, M.A. / Bieli, D. / Schaefer, J.V. / Jakob, R.P. / Matsuda, S. / Maier, T. / Pluckthun, A. / Affolter, M.

履歴

登録	2018年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.0	2021年9月1日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id
改定 3.1	2024年1月17日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fp8.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fp8.ent.gz	199.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fp8_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fp8_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	6fp8_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	6fp8_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fp7C 6fp9C 6fpaC 6fpbC 2hqkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z9m-3 3tzo-1 4pby-2 4j71-1 3e3q-8 4q93-d 5o6h-2 4ufx-2 1se6-2 6o93-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

B: DARPin1238_E11

ヘテロ分子

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.953, 75.012, 48.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 分子量: 28546.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: mTFP1, contains cofactor PIA, made out of amino acids AYG 由来: (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物) / プラスミド: pRSFDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y3
#2: タンパク質	DARPin1238_E11 分子量: 19879.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQiq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue

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非ポリマー , 4種, 419分子

#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10% PEG4000, 20% Glycerol, and 0.02 M of L-glutamate, glycine, DL-alanine, L-lysin, DL-serin

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.855→39.607 Å / Num. obs: 78111 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.855→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 12129 / CC_1/2: 0.652 / R_rim(I) all: 0.73 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HQK

2hqk

解像度: 1.855→39.607 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 18.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1764	3897	4.99 %
R_work	0.1483	-	-
obs	0.1498	78111	96.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.855→39.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3029	0	52	411	3492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	4284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.163	1877
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8546-1.8772	0.3119	109	0.3009	2142	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8772-1.901	0.2975	142	0.2612	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
1.901-1.926	0.2787	141	0.2517	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
1.926-1.9524	0.265	136	0.2474	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9524-1.9802	0.2298	141	0.2424	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9802-2.0098	0.231	144	0.225	2679	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0098-2.0412	0.2358	140	0.2056	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0412-2.0747	0.2297	135	0.1977	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0747-2.1104	0.1897	139	0.1935	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1104-2.1488	0.2153	143	0.1739	2678	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1488-2.1901	0.2041	139	0.1749	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1901-2.2348	0.2113	142	0.1738	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2348-2.2834	0.2254	145	0.1649	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2834-2.3365	0.2014	137	0.155	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3365-2.395	0.186	140	0.1519	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
2.395-2.4597	0.1691	140	0.1452	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4597-2.5321	0.158	141	0.1523	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5321-2.6138	0.2075	131	0.1623	2509	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6138-2.7072	0.1676	139	0.1419	2661	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7072-2.8156	0.1596	141	0.1389	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8156-2.9437	0.1922	142	0.1409	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9437-3.0988	0.1751	145	0.1458	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0988-3.2929	0.1507	140	0.1302	2704	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2929-3.5469	0.1486	144	0.1248	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5469-3.9036	0.1346	144	0.1106	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9036-4.4678	0.1566	138	0.1113	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4678-5.6264	0.1485	133	0.1237	2562	X-RAY DIFFRACTION	93
5.6264-39.616	0.1847	146	0.1664	2690	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6824	0.1242	-0.1344	0.3017	0.1961	0.1895	0.0027	0.0029	-0.1371	0.0043	0.0469	-0.0167	0.1045	0.0464	0	0.1601	0.0141	0.0023	0.1375	0.0176	0.171	-12.7185	-2.7741	20.1393
2	0.3729	-0.1641	0.0868	0.1859	0.194	0.5118	-0.0282	-0.0253	-0.0153	-0.0129	0.0169	-0.0262	-0.0301	0.0278	-0	0.1561	0.0143	0.0128	0.1534	0.0233	0.146	-15.9005	4.6756	21.5044
3	0.049	0.0365	0.0286	0.0564	0.0664	0.0248	-0.1039	-0.0049	-0.0632	-0.0238	0.1169	0.0787	-0.0033	-0.1721	0	0.2087	0.0165	0.0008	0.1944	0.0365	0.2003	-21.7035	-0.1136	18.906
4	0.0667	-0.0485	-0.1184	0.0143	-0.0279	0.039	0.0427	-0.0133	-0.1037	-0.0863	0.0548	0.0896	0.1186	-0.1131	0	0.2048	-0.0057	-0.0139	0.1638	0.0319	0.1895	-18.1996	-2.7302	18.2881
5	0.0171	0.0029	-0.0019	0.0421	0.0471	0.0454	0.3081	0.3539	0.1167	-0.423	-0.2762	-0.0843	-0.3272	0.2331	0	0.3617	0.0192	0.0356	0.2753	0.0981	0.2221	-12.2212	15.8051	2.9261
6	0.0339	-0.1924	-0.0025	0.1125	0.0343	0.0862	-0.0657	0.0306	0.0597	0.0564	0.0896	-0.0492	-0.1684	-0.0401	0	0.2111	0.0229	0.0002	0.2107	0.0173	0.1992	-19.1505	14.6168	24.9397
7	0.0546	-0.0995	0.0619	0.082	-0.0506	0.007	0.0144	-0.1158	-0.1502	0.0083	-0.1278	-0.0945	-0.2048	-0.0112	-0	0.2565	0.0265	0.029	0.1704	-0.0055	0.1924	-18.1402	16.2046	21.5147
8	0.4807	-0.1059	0.2379	0.2255	0.2898	0.3624	-0.0205	-0.0608	0.078	-0.0857	-0.009	0.1215	-0.0913	-0.1311	-0	0.183	0.036	0.0085	0.1694	0.0232	0.1362	-21.6134	11.6817	24.4881
9	0.2383	-0.0752	0.2719	0.1906	-0.0214	0.1026	0.0599	0.1112	0.0988	-0.0295	-0.0263	-0.1394	-0.1566	-0.045	-0	0.1729	0.0062	0.0161	0.174	0.0115	0.181	-6.4466	8.3605	18.9961
10	0.6071	0.4139	0.3531	0.3854	-0.4561	0.289	0.1084	-0.1846	0.2773	-0.0599	0.1184	-0.1522	-0.3154	0.0265	0	0.1901	0.0257	-0.0066	0.2048	0.0164	0.1802	-10.6381	9.8854	28.9323
11	0.0084	-0.0594	-0.1291	-0.0079	0.1036	0.1333	-0.2731	-0.5774	0.2158	0.9741	-0.1079	0.564	-0.0834	-0.0234	0	0.3469	0.0009	0.2143	0.3848	-0.0095	0.4291	-45.2597	1.71	21.7785
12	-0.0452	0.1626	-0.078	0.0505	0.2059	0.0059	0.0766	-0.0971	0.0909	0.0283	-0.1109	0.0974	0.0026	-0.0787	0	0.2143	-0.0147	-0.0101	0.2589	0.0016	0.2901	-40.6455	-2.347	15.4343
13	0.0917	0.0143	0.0399	0.0335	0.1523	0.1007	0.0365	0.0649	-0.0398	-0.0682	-0.029	0.0039	0.0217	-0.0299	0	0.1723	-0.0152	-0.0422	0.2212	0.0102	0.2714	-34.0769	-4.7852	8.9891
14	0.0107	-0.0049	-0.0111	-0.0128	-0.0045	0.0035	-0.1911	0.1505	-0.1525	-0.0003	-0.2892	0.0043	0.1477	-0.2245	0	0.2335	-0.0806	-0.0057	0.2871	-0.035	0.2982	-39.9658	-15.2833	8.9831
15	0.1506	-0.0283	-0.1226	0.1073	0.1461	0.2497	0.0033	0.073	-0.054	-0.0295	0.0024	0.0419	0.0144	-0.0323	0	0.2133	-0.0299	-0.0415	0.2201	-0.0172	0.2549	-28.9565	-13.2966	4.4457
16	0.0406	-0.0111	0.0148	0.1557	0.0551	0.1063	-0.0261	0.1717	-0.1634	-0.1909	0.0324	-0.131	0.024	0.0036	0	0.2454	-0.0112	-0.0246	0.2295	-0.0573	0.271	-21.0626	-14.3981	0.3405
17	0.0268	0.0647	0.0004	0.0373	0.0036	0.0175	-0.2312	0.2038	-0.2023	0.1572	-0.2163	-0.2135	0.2193	0.0443	-0	0.4175	-0.0504	0.0103	0.2503	-0.0796	0.4687	-25.0232	-24.7265	-4.9844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 135 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 136 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 152 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 164 through 188 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 189 through 205 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 206 through 220 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 12 through 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 38 through 70 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 71 through 94 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 95 through 103 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 104 through 136 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 137 through 160 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 161 through 178 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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