+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fnd | ||||||
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Title | Crystal structure of Toxoplasma gondii AKMT | ||||||
Components | (Apical complex lysine ...) x 4 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Lysine methyltransferase / SET domain / AKMT / homodimer | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) Toxoplasma gondii TgCatPRC2 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.101 Å | ||||||
Authors | Pivovarova, Y. / Dong, G. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: Structure of a Novel Dimeric SET Domain Methyltransferase that Regulates Cell Motility. Authors: Pivovarova, Y. / Liu, J. / Lesigang, J. / Koldyka, O. / Rauschmeier, R. / Hu, K. / Dong, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fnd.cif.gz | 704.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fnd.ent.gz | 598.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fnd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Apical complex lysine ... , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 48315.820 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: TGPRC2_216080B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A151H4R7, UniProt: B9Q0K5*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 47815.254 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii TgCatPRC2 (eukaryote) Gene: TGPRC2_216080B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A151H4R7, UniProt: B9Q0K5*PLUS |
#3: Protein | Mass: 48413.941 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii TgCatPRC2 (eukaryote) Gene: TGPRC2_216080B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A151H4R7, UniProt: B9Q0K5*PLUS |
#4: Protein | Mass: 48567.121 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii TgCatPRC2 (eukaryote) Gene: TGPRC2_216080B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A151H4R7, UniProt: B9Q0K5*PLUS |
-Non-polymers , 6 types, 477 molecules
#5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Chemical | ChemComp-PEG / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: orthorhombic |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 9 Details: 0.1 M Tris-HCl (pH 9.0), 0.2 M MgCl2, 30% (w/v) PEG 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.28225 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 26, 2016 |
Radiation | Monochromator: Single crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.28225 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→40 Å / Num. obs: 167741 / % possible obs: 82.8 % / Redundancy: 2.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 14053 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.967 / % possible all: 43.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.101→20.071 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / Phase error: 27.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 177.25 Å2 / Biso mean: 58.194 Å2 / Biso min: 18.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.101→20.071 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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