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万見
- PDB-6fms: IMISX-EP of Se-LspA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fms
タイトルIMISX-EP of Se-LspA
要素
  • Globomycin
  • Lipoprotein signal peptidase
キーワードHYDROLASE / Serial crystallography / experimental phasing / in meso crystallization / in situ diffraction data collection / membrane protein structure / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase II / signal peptide processing / endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase A8, signal peptidase II / Signal peptidase (SPase) II / Signal peptidases II signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Globomycin / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Lipoprotein signal peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Howe, N. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Vogeley, L. / Basu, S. / Diederichs, K. / Caffrey, M. / Wang, M.
資金援助 アイルランド, スイス, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland16/IA/4435 アイルランド
European Union701647 スイス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: In situ serial crystallography for rapid de novo membrane protein structure determination.
著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Howe, N. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Vogeley, L. / Basu, S. / Diederichs, K. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 2.02019年6月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_auth_asym_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.12019年9月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein signal peptidase
B: Lipoprotein signal peptidase
C: Lipoprotein signal peptidase
D: Lipoprotein signal peptidase
E: Globomycin
F: Globomycin
G: Globomycin
H: Globomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,69130
ポリマ－87,8478
非ポリマー7,84422
水18010
1
A: Lipoprotein signal peptidase
E: Globomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1018
ポリマ－21,9622
非ポリマー2,1396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
2
B: Lipoprotein signal peptidase
F: Globomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4579
ポリマ－21,9622
非ポリマー2,4967
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
3
C: Lipoprotein signal peptidase
G: Globomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1018
ポリマ－21,9622
非ポリマー2,1396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
4
D: Lipoprotein signal peptidase
H: Globomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0315
ポリマ－21,9622
非ポリマー1,0703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.750, 110.130, 85.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Lipoprotein signal peptidase / Prolipoprotein signal peptidase / Signal peptidase II / SPase II


分子量: 21287.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: lspA, ls, PA4559 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVM5, signal peptidase II
#2: タンパク質・ペプチド
Globomycin


分子量: 673.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Globomycin
#3: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 35 % PEG 400, 100 mM MES, pH 5.6, and 100 mM ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97858 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.27 Å / Num. obs: 41032 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.7 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 9.14
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 22.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 3031 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 3.46 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXDE位相決定
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→46.268 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 2058 5.02 %
Rwork0.228 --
obs0.2301 41032 99 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4866 0 586 10 5462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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