PDB-6fmo: Crystal structure of the substrate (obtusifoliol)-bound and ligan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fmo

タイトル

Crystal structure of the substrate (obtusifoliol)-bound and ligand-free I105F mutant of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Trypanosoma cruzi

要素

Sterol 14alpha-demethylase

キーワード

PROTEIN BINDING / sterol biosynthesis / CYP51 / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / SUBSTRATE BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

sterol 14alpha-demethylase / sterol biosynthetic process / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Binding of a physiological substrate causes large-scale conformational reorganization in cytochrome P450 51.
著者: Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Fisher, P.M. / Child, S.A. / Nes, W.D. / Guengerich, F.P. / Waterman, M.R. / Lepesheva, G.I.

履歴

登録	2018年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fmo.cif.gz	367.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fmo.ent.gz	301.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fmo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ck8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ck8-1 4ck8-2 3k1o-d 3gw9-2 4g7g-2 2wx2-2 6aph-d 4naw-4 6ma8-d 2jlx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sterol 14alpha-demethylase

B: Sterol 14alpha-demethylase

C: Sterol 14alpha-demethylase

D: Sterol 14alpha-demethylase

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sterol 14alpha-demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sterol 14alpha-demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sterol 14alpha-demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Sterol 14alpha-demethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.310, 154.310, 178.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 478 / Label seq-ID: 31 - 478

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Sterol 14alpha-demethylase 分子量: 55326.188 Da / 分子数: 4 / 変異: I105F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: CYP51A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): HMS174 参照: UniProt: M1FYE4, UniProt: Q7Z1V1*PLUS, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-DVE / Obtusifoliol 分子量: 426.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₅₀O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Obtusifoliol, PEG 4000, potassium phosphate, sodium chloride PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→133.64 Å / Num. obs: 38484 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.386 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 3.18→3.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2990 / R_pim(I) all: 0.697 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ck8

4ck8

解像度: 3.18→133.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 33.432 / SU ML: 0.533 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29289	2141	5.3 %	RANDOM
R_work	0.25988	-	-	-
obs	0.26162	38484	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 156.443 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	-0.35 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→133.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14175	0	265	5	14445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.019	14986
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	14186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.846	1.991	20345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.677	3.003	32886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.966	5	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.393	23.432	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.248	15	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.147	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	16418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	13.1	15.667	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	13.1	15.666	7163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	20.235	23.481	8948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	20.235	23.482	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.586	16.025	7822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.583	16.026	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.451	23.748	11397
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	26.849		17781
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	26.85		17780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29574	0.06
1	2	B	29574	0.06
2	1	A	29104	0.08
2	2	C	29104	0.08
3	1	A	27776	0.12
3	2	D	27776	0.12
4	1	B	29478	0.06
4	2	C	29478	0.06
5	1	B	27722	0.12
5	2	D	27722	0.12
6	1	C	27614	0.12
6	2	D	27614	0.12

LS精密化シェル

解像度: 3.184→3.267 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.418	147	-
R_work	0.366	2805	-
obs	-	-	98.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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