[日本語] English
万見
- PDB-6fmd: Targeting myeloid differentiation using potent human dihydroorota... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fmd
タイトルTargeting myeloid differentiation using potent human dihydroorotate dehydrogenase (hDHODH) inhibitors based on 2-hydroxypyrazolo[1,5-a]pyridine scaffold
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHODH / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-DUH / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Goyal, P. / Jarva, M. / Andersson, M. / Lolli, M.L. / Friemann, R.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
MAX4ESSFUNGU-003 スウェーデン
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Targeting Myeloid Differentiation Using Potent 2-Hydroxypyrazolo[1,5- a]pyridine Scaffold-Based Human Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitors.
著者: Sainas, S. / Pippione, A.C. / Lupino, E. / Giorgis, M. / Circosta, P. / Gaidano, V. / Goyal, P. / Bonanni, D. / Rolando, B. / Cignetti, A. / Ducime, A. / Andersson, M. / Jarva, M. / Friemann, ...著者: Sainas, S. / Pippione, A.C. / Lupino, E. / Giorgis, M. / Circosta, P. / Gaidano, V. / Goyal, P. / Bonanni, D. / Rolando, B. / Cignetti, A. / Ducime, A. / Andersson, M. / Jarva, M. / Friemann, R. / Piccinini, M. / Ramondetti, C. / Buccinna, B. / Al-Karadaghi, S. / Boschi, D. / Saglio, G. / Lolli, M.L.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,63822
ポリマ－42,9291
非ポリマー2,70821
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.441, 90.441, 122.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 42929.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 8種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-DUH / 2-oxidanyl-~{N}-[2,3,5,6-tetrakis(fluoranyl)-4-phenyl-phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxamide


分子量: 401.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H11F4N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.2M KBr, 0.2M KSCN, 0.1M NaAc pH 5.2, 25% PEG 400, 2% PGA-LM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→78.324 Å / Num. obs: 79465 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 8.6 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.58-1.674.70.741114950.380.8350.7499.7
1.67-1.774.30.5131.5109010.2730.5840.51399.7
1.77-1.894.80.3462.2102670.1750.3890.346100
1.89-2.044.60.2143.595580.110.2420.21499.7
2.04-2.234.50.1375.187980.0710.1550.13799.5
2.23-2.54.80.0967.380050.0480.1080.09699.9
2.5-2.884.50.06710.170370.0340.0750.06799
2.88-3.534.90.04215.660400.0210.0470.04299.8
3.53-54.50.02921.846800.0150.0330.02998.7
5-25.5344.50.0262126840.0130.0290.02698.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MUT

5mut


解像度: 1.58→78.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.644 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0567 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.052
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1597 4016 5.1 %RANDOM
Rwork0.1368 ---
obs0.138 75404 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.19 Å2 / Biso mean: 26.408 Å2 / Biso min: 11.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→78.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 181 155 3067
Biso mean--43.54 36.06 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6472.0324057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01636683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4465373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17522.937126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34115497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7391531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02583
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.46235902
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.319590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.13455927
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 279 -
Rwork0.272 5554 -
all-5833 -
obs--99.71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る