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万見
- PDB-6flo: Regulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6flo
タイトルRegulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Trypanosoma brucei at 2.1 Angstrom resolution
要素Protein kinase A regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein kinase A / Regulatory Subunit / Nucleoside-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


paraflagellar rod / modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / cilium movement involved in cell motility / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / quorum sensing / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...paraflagellar rod / modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / cilium movement involved in cell motility / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / quorum sensing / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / kinase activity / protein phosphorylation / intracellular signal transduction / cilium / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Leucine-rich repeat domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINE / Protein kinase A regulatory subunit / Protein kinase A regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.138686637 Å
データ登録者Volpato Santos, Y. / Lorentzen, E. / Basquin, J. / Boshart, M.
資金援助 ブラジル, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development233134/2014-0 ブラジル
German Research FoundationBo1100/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Purine nucleosides replace cAMP in allosteric regulation of PKA in trypanosomatid pathogens.
著者: Ober, V.T. / Githure, G.B. / Volpato Santos, Y. / Becker, S. / Moya Munoz, G. / Basquin, J. / Schwede, F. / Lorentzen, E. / Boshart, M.
履歴
登録2018年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase A regulatory subunit
B: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0838
ポリマ－68,8262
非ポリマー1,2576
水2,342130
1
A: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9493
ポリマ－34,4131
非ポリマー5362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1345
ポリマ－34,4131
非ポリマー7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.460, 71.550, 122.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRSERSER(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA219 - 22721 - 29
12ASPASPASPASP(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA229 - 33531 - 137
13ASPASPILEILE(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA337 - 348139 - 150
14ARGARGARGARG(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA350 - 413152 - 215
15GLYGLYHISHIS(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA417 - 451219 - 253
16VALVALASNASN(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA453 - 458255 - 260
17ARGARGLYSLYS(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA460 - 474262 - 276
18THRTHRLYSLYS(chain A and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...AA476 - 488278 - 290
29TYRTYRSERSER(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB219 - 22721 - 29
210ASPASPASPASP(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB229 - 33531 - 137
211ASPASPILEILE(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB337 - 348139 - 150
212ARGARGARGARG(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB350 - 413152 - 215
213GLYGLYHISHIS(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB417 - 451219 - 253
214VALVALASNASN(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB453 - 458255 - 260
215ARGARGLYSLYS(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB460 - 474262 - 276
216THRTHRLYSLYS(chain B and (resseq 219:227 or resseq 229:235 or (resid...BB476 - 488278 - 290

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase A regulatory subunit


分子量: 34413.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb11.02.2210
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q385V6, UniProt: Q9GU80*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 32% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 4% MPD, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→49.09 Å / Num. obs: 30014 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.3717547556 Å2 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 30009

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.138686637→49.0836704952 Å / SU ML: 0.371269280305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.0277024936218 / 位相誤差: 29.6760677529
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274742492489 1998 6.65733706517 %
Rwork0.220238891841 --
obs0.223883743113 30012 89.3320633409 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.0426550602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.138686637→49.0836704952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 88 130 4514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005720106371144482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8528454672896094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484989913175695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00456508320636762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.22114499972602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1387-2.19220.534745023221800.5532771160831242X-RAY DIFFRACTION55.3601340034
2.1922-2.25140.4490042008471120.414591674011678X-RAY DIFFRACTION75.8474576271
2.2514-2.31770.3924791287891260.3033143198751793X-RAY DIFFRACTION81.9735155916
2.3177-2.39250.3114545939861420.2730397223091863X-RAY DIFFRACTION84.1376416282
2.3925-2.4780.3640946308911280.258841483641943X-RAY DIFFRACTION88.5042735043
2.478-2.57720.3448495631071480.2430154718471988X-RAY DIFFRACTION89.4847088395
2.5772-2.69450.2875663495291510.2322312047112012X-RAY DIFFRACTION90.8441831163
2.6945-2.83650.2856246126771490.2309299966962043X-RAY DIFFRACTION92.5675675676
2.8365-3.01420.2709835995771510.2423009902952125X-RAY DIFFRACTION95.4697986577
3.0142-3.24690.2994083559791530.2265085224262212X-RAY DIFFRACTION98.2142857143
3.2469-3.57360.2665612243161570.1994936256872217X-RAY DIFFRACTION98.3429991715
3.5736-4.09050.2165275445411590.1602425054122224X-RAY DIFFRACTION99.1264559068
4.0905-5.15270.1950961708051680.1396266514152292X-RAY DIFFRACTION99.5951417004
5.1527-49.09660.2100572666761740.1701295434722382X-RAY DIFFRACTION99.6102883866
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.6494457721 Å / Origin y: -12.5074641799 Å / Origin z: 99.1971935704 Å
111213212223313233
T-0.0145814098939 Å20.0152468295041 Å20.183494336358 Å2-0.049165020948 Å2-0.0158532331543 Å2---0.0565203601001 Å2
L0.0809483828147 °2-0.0226684639225 °2-0.0531013411907 °2--0.030022833883 °20.175563258114 °2--0.08929968789 °2
S-0.0441257754618 Å °0.00370709979848 Å °0.14371457232 Å °0.138299645218 Å °-0.00615336465535 Å °-0.113956739444 Å °0.149920343416 Å °-0.0680023481305 Å °8.54241233166E-12 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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