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- PDB-6fko: Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fko
タイトルDeoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with ATP, dGMP, hadacidin at 2.1 Angstrom resolution
要素Adenylosuccinate synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / 2 / 6-diaminopurine / phage phiVC8 / Synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-2'-deoxyadenylo-succinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / CITRATE ANION / HADACIDIN / N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage phiVC8 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sleiman, D. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Kaminski, P.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with ATP, dGMP, HAdacidin at 2.1 Angstrom resolution
著者: Sleiman, D. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Kaminski, P.A.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年6月26日ID: 6FJR
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
B: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8038
ポリマ－80,7862
非ポリマー2,0176
水9,584532
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.970, 91.970, 192.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase


分子量: 40392.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio phage phiVC8 (ファージ) / 遺伝子: phiVC8_p27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FFN6

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非ポリマー , 5種, 538分子

#2: 化合物 ChemComp-HDA / HADACIDIN / ハダシジン


分子量: 119.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗がん剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4 0.1 M Na3 Cit 5.6 pH 25 %w/v PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980097 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.106→48.188 Å / Num. obs: 49180 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.91 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.106→2.22 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2453 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 49060 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8716 Å20 Å20 Å2
2---3.8716 Å20 Å2
3---7.7431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5267 0 129 532 5928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015512HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.087505HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1890SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes853HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5512HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion723SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6506SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 176 4.98 %
Rwork0.2718 3359 -
all0.2724 3535 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30910.0084-0.0650.37840.34640.88670.0041-0.0067-0.02840.0515-0.03940.03550.11560.00180.0353-0.06010.0005-0.0062-0.06470.00150.02218.638132.13017.6619
20.41490.01680.23620.4820.31521.5354-0.04810.00770.0816-0.0803-0.04320.0368-0.4733-0.1460.09140.02910.0573-0.0263-0.1143-0.0018-0.01722.407961.45932.5229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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