PDB-6fkg: Crystal structure of the M.tuberculosis MbcT-MbcA toxin-antitoxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fkg

タイトル

Crystal structure of the M.tuberculosis MbcT-MbcA toxin-antitoxin complex.

要素

Rv1989c (MbcT)
Rv1990c (MbcA)

キーワード

TOXIN / Toxin-Antitoxin system Phosphorylase NAD+-binding

機能・相同性

Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like, toxin-binding domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS C-terminal toxin-binding domain / RES domain / RES domain / RES / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / Mycobacterial cidal antitoxin MbcA / NAD(+) phosphorylase MbcT

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Freire, D.M. / Cianci, M. / Pogenberg, V. / Schneider, T.R. / Wilmanns, M. / Parret, A.H.A.

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: An NAD Phosphorylase Toxin Triggers Mycobacterium tuberculosis Cell Death.
著者: Diana Mendes Freire / Claude Gutierrez / Acely Garza-Garcia / Anna D Grabowska / Ambre J Sala / Kanchiyaphat Ariyachaokun / Terezie Panikova / Katherine S H Beckham / André Colom / Vivian ...
要旨: Toxin-antitoxin (TA) systems regulate fundamental cellular processes in bacteria and represent potential therapeutic targets. We report a new RES-Xre TA system in multiple human pathogens, including ...

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fkg.cif.gz	246.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fkg.ent.gz	201.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fkg_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fkg_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	6fkg_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6fkg_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	SASDD33C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1743 2zs1-2 1x9f-d 7cta-1 6ojy-d 6k5p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDD33associated SAS data, MbcTA complex in solution

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rv1989c (MbcT)

B: Rv1989c (MbcT)

C: Rv1990c (MbcA)

D: Rv1990c (MbcA)

ヘテロ分子

66.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Rv1989c (MbcT)

B: Rv1989c (MbcT)

C: Rv1990c (MbcA)

D: Rv1990c (MbcA)

ヘテロ分子

A: Rv1989c (MbcT)

B: Rv1989c (MbcT)

C: Rv1990c (MbcA)

D: Rv1990c (MbcA)

ヘテロ分子

A: Rv1989c (MbcT)

B: Rv1989c (MbcT)

C: Rv1990c (MbcA)

D: Rv1990c (MbcA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
198 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.311, 105.311, 108.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Rv1989c (MbcT) 分子量: 20267.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1989c, MTCY39.30 発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) Variant (発現宿主): groEL1DeltaC / 参照: UniProt: P9WLP9
#2: タンパク質	Rv1990c (MbcA) 分子量: 12629.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1990c, MTCY39.29 発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) Variant (発現宿主): groEL1DeltaC / 参照: UniProt: P9WLP7
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6 and 25 % PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 2.48, 0.9765

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.48	1
2	0.9765	1

反射

解像度: 1.8→9.99 Å / Num. obs: 62157 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 42.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0562 / Net I/σ(I): 21.6

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5639 / CC_1/2: 0.497 / % possible all: 90.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
pointless		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→9.988 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	3025	4.87 %
R_work	0.1623	-	-
obs	0.1646	62148	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4539	0	18	278	4835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	6363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.986	1708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8001-1.8281	0.2951	127	0.2928	2234	X-RAY DIFFRACTION	83
1.8281-1.8579	0.3459	126	0.2676	2599	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8579-1.8897	0.3004	103	0.251	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8897-1.9238	0.3195	133	0.2406	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9238-1.9605	0.2686	132	0.2193	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9605-2.0002	0.2696	146	0.2086	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.0434	0.2487	121	0.204	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0434-2.0905	0.2601	161	0.1969	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0905-2.1423	0.2301	199	0.1869	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1423-2.1996	0.2267	152	0.1812	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1996-2.2636	0.2076	145	0.1821	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2636-2.3358	0.2603	137	0.1759	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3358-2.4181	0.2296	156	0.1774	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4181-2.5134	0.2006	128	0.1792	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5134-2.6258	0.2449	129	0.186	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6258-2.7615	0.2105	134	0.1725	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7615-2.9304	0.2253	96	0.1837	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9304-3.1501	0.2123	141	0.1794	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1501-3.4551	0.2037	143	0.1682	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4551-3.9282	0.2158	129	0.1445	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9282-4.8528	0.1711	135	0.1236	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8528-9.988	0.1731	152	0.1237	2757	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7357	2.4794	-2.1939	9.435	-0.4416	2.015	-0.3287	0.2756	0.2911	0.4465	0.2711	-1.1736	-0.3565	1.3298	0.2796	0.3484	0.041	-0.0621	0.4657	-0.0063	0.3601	19.1913	30.1412	55.9082
2	2.3084	0.7283	-0.6448	1.9468	-0.9813	2.8426	0.039	0.2394	-0.2297	-0.1933	0.0151	0.0757	0.3628	-0.1911	-0.0882	0.3329	-0.0021	-0.0823	0.2352	0.0025	0.2946	-0.5444	22.571	61.5023
3	3.9045	-1.5193	-0.0999	2.3637	-1.0022	1.1367	-0.2643	-0.4487	-0.365	0.3043	0.3193	0.0956	0.1496	-0.144	-0.0529	0.4058	0.0195	-0.0708	0.32	0.0391	0.3283	-6.4291	20.5148	70.5888
4	2.6555	0.8198	0.5106	3.7804	-0.7844	5.2645	0.1511	-0.2116	-0.1983	0.3486	-0.1976	-0.456	-0.058	0.2202	0.0762	0.3418	0.0039	-0.0693	0.27	0.0463	0.3073	10.7589	25.879	65.4616
5	5.205	-1.2039	2.3255	4.857	-2.6389	5.2983	0.3573	-0.1339	-0.3	-0.5052	-0.0429	0.2103	-0.0317	0.1632	0.0722	0.4563	-0.0522	-0.0879	0.2512	0.0078	0.2993	2.9245	19.6829	62.9078
6	2.6573	-1.3758	1.6628	3.7205	2.6569	5.1944	0.6895	0.4683	-0.0145	-0.455	-0.6848	0.07	0.962	-0.0307	0.0882	0.9869	0.2394	-0.1231	0.5663	-0.0197	0.4455	-0.7689	19.3506	50.9961
7	4.8239	-1.2922	-1.2949	3.1667	-0.7126	2.3875	-0.3197	-0.4153	-1.0403	0.0758	0.3059	0.4875	0.8102	0.0841	-0.0572	0.4132	-0.0111	-0.0777	0.3634	0.0842	0.5047	-9.0961	12.8792	69.7595
8	9.3367	6.4614	0.0874	6.2444	1.7799	1.9536	-0.2967	0.4588	0.929	0.2614	-0.2088	0.7628	-1.6525	-0.1467	0.4272	0.5571	0.0271	-0.1186	0.4278	0.1003	0.5245	-32.0426	45.8662	52.0471
9	2.4526	-0.8367	-0.8096	2.5141	1.0977	2.3147	-0.0651	-0.1909	-0.1065	0.189	0.1074	0.2488	0.2426	0.014	-0.032	0.3078	-0.0344	-0.0544	0.2633	0.0211	0.2903	-20.2342	28.5977	47.0332
10	4.6494	1.1588	-1.6957	2.7109	-0.4649	1.9736	-0.0457	0.5441	0.0669	-0.2599	0.0252	0.1902	0.0164	-0.0287	0.011	0.3148	-0.0164	-0.1014	0.3407	0.0052	0.2918	-18.988	25.1324	33.443
11	2.4271	-0.1478	0.0218	2.9225	0.5899	1.778	-0.0966	0.193	-0.2476	-0.0297	-0.0298	0.208	0.1212	-0.0862	0.1033	0.2557	-0.0302	-0.1059	0.2263	-0.0072	0.2517	-19.5131	24.2385	38.9318
12	7.3689	0.2067	-2.1809	2.8383	1.1157	4.019	-0.2512	1.5695	0.5601	-1.3938	-0.0719	0.6639	-0.2714	-0.0276	0.1636	0.62	0.046	-0.17	0.4115	0.0138	0.4158	-27.723	40.8727	36.3087
13	2.1617	-0.1822	0.534	3.4765	2.2105	3.5474	-0.0398	0.0681	-0.0345	0.0801	-0.0842	0.251	0.0933	0.0548	0.1147	0.2811	-0.049	-0.0284	0.2993	0.0195	0.3283	-25.0348	32.833	48.552
14	2.9842	-0.4309	-0.912	2.2802	0.1346	2.6232	-0.0561	0.271	-0.5326	0.1539	0.1758	0.2571	0.6828	-0.4855	-0.0726	0.3679	-0.0262	-0.0613	0.3176	0.0172	0.3521	-18.8596	15.8544	39.385
15	5.2534	0.917	1.4877	3.836	0.1933	6.2426	-0.0434	0.2867	-0.3377	-0.231	0.0619	0.0283	-0.0727	0.8724	-0.0498	0.3442	-0.0223	0.0469	0.4333	-0.034	0.3514	17.0633	28.8104	44.4366
16	2.4273	-1.0425	-2.2764	5.0691	-0.1341	3.3944	0.2248	0.4119	-0.0241	-0.4759	0.5295	-0.8258	-0.0029	0.0727	-0.5338	0.4158	-0.1211	-0.0081	0.4669	-0.0627	0.444	12.1217	36.3314	35.1283
17	2.5541	1.1311	2.2695	1.8543	0.9773	2.006	-0.2126	0.5277	-0.554	-0.0563	0.2497	-0.311	0.1124	0.2395	0.1226	0.385	-0.0953	0.1013	0.4237	-0.1325	0.4867	22.8895	38.5626	40.1796
18	3.2739	5.1391	-2.1207	9.1609	-1.0244	6.254	-0.2066	-0.1916	0.7892	-0.1167	-0.0348	-0.1308	-0.8053	0.0752	-0.1214	0.3992	-0.0469	-0.0681	0.405	-0.0105	0.4597	15.2325	43.0179	45.3737
19	3.5522	1.5879	0.1592	2.6541	0.1729	1.7757	0.0493	-0.0233	-0.2339	-0.1393	-0.1023	-0.2909	0.0929	0.051	-0.0197	0.2925	-0.0217	-0.0027	0.3271	0.0035	0.3095	4.3503	30.9175	40.5024
20	4.529	0.8031	-0.4336	2.673	-0.7408	2.0494	0.0404	0.6384	0.2309	-0.3513	0.173	0.0901	-0.1283	-0.1112	-0.1231	0.3453	-0.0407	-0.009	0.3587	0.035	0.3003	-3.3789	38.1939	33.6895
21	4.2188	2.2695	-0.668	2.557	-0.3355	1.3086	0.0501	-0.169	0.2631	-0.2217	-0.0629	0.1717	-0.1085	-0.0491	-0.102	0.3259	0.0032	-0.0074	0.2761	0.001	0.276	-4.3358	36.324	42.3784
22	6.6954	-3.0765	0.0471	7.2935	-2.0527	6.3438	-0.0758	-0.2535	-0.3987	0.6155	-0.0594	0.6561	-0.8463	-0.3151	0.1099	0.3742	0.0306	0.0126	0.4146	-0.007	0.4235	-31.6744	43.1399	63.407
23	1.5035	2.2634	2.7619	3.6748	4.3844	5.4269	0.0912	-0.2198	-0.027	0.9626	-0.0807	0.9487	0.0846	-0.7905	-0.0453	0.4927	0.0682	0.0541	0.4917	0.1012	0.4656	-26.1128	39.3711	72.4773
24	6.616	-2.0147	1.9239	1.1714	0.2722	1.9864	-0.3964	-0.6828	0.026	0.3934	0.4643	0.058	-0.1426	-0.2071	-0.0371	0.3801	0.0816	0.0383	0.2986	0.028	0.3634	-28.0443	52.1558	70.2548
25	7.6533	-5.1031	-0.8251	7.9868	0.623	0.2622	-0.0674	0.2253	0.9616	0.1489	0.0681	-0.9286	0.2936	0.0833	-0.1133	0.461	0.0288	0.0385	0.3046	0.0406	0.3795	-25.4506	55.8672	63.5079
26	1.7478	-2.4404	0.5089	4.0623	-0.8202	2.2125	-0.1992	-0.2326	-0.1658	0.416	0.0631	0.0874	-0.0393	-0.2369	-0.0157	0.2969	0.038	-0.0184	0.3124	0.0288	0.3068	-19.7623	37.7322	69.2969
27	4.5979	-1.0483	0.0784	2.8975	0.9158	5.3531	-0.2296	-0.436	0.6339	0.6386	0.6315	-0.9086	-0.1405	0.4381	-0.4326	0.4224	0.0735	-0.1031	0.3471	-0.1117	0.4532	-7.6802	40.8071	74.008
28	2.1398	-2.4311	-0.2766	4.7307	-0.4298	1.7081	-0.0274	-0.0367	0.3811	0.3935	0.0195	-0.6053	-0.0124	0.1174	0.0272	0.3193	-0.009	-0.0673	0.2762	0.0001	0.3746	-9.868	38.0897	66.1515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 54:101)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 102:149)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 150:157)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 158:162)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 163:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 4:12)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 13:58)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 59:75)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 76:109)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 110:124)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 125:161)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 162:186)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 2:14)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 15:29)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 30:46)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 47:51)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 52:70)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 71:88)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 89:113)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 2:14)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 15:20)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 21:43)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 44:51)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 52:74)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 75:87)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 88:113)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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