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万見
- PDB-6fk4: Structure of 3' phosphatase NExo (WT) from Neisseria bound to DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fk4
タイトルStructure of 3' phosphatase NExo (WT) from Neisseria bound to DNA substrate
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')
  • Exodeoxyribonuclease III
キーワードDNA BINDING PROTEIN / 3' phosphatase / base excision DNA repair.
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Exodeoxyribonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
other sequences (unknown)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å
データ登録者Silhan, J. / Zhao, Q. / Boura, E. / Thomson, H. / Foster, A. / Tang, C.M. / Freemont, P.S. / Baldwin, G.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust084369/Z/ 07/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition and repair of the 3'-phosphate by NExo, a base excision DNA repair nuclease from Neisseria meningitidis.
著者: Silhan, J. / Zhao, Q. / Boura, E. / Thomson, H. / Forster, A. / Tang, C.M. / Freemont, P.S. / Baldwin, G.S.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease III
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0263
ポリマ－34,9082
非ポリマー1181
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.156, 59.156, 292.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease III


分子量: 29318.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: xthA, NMB0399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K100, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')


分子量: 5589.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3' Phosphate residue at the last nucleotide / 由来: (合成) other sequences (unknown)
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 100 mM imidazole pH = 6.6, 55 mM (NH4)2SO4, 10% (w/v) PEG 8000, 16 - 19 % (v/v) MPD,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.68 Å / Num. all: 153122 / Num. obs: 15625 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 47.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07849 / Rrim(I) all: 0.08586 / Net I/σ(I): 13.79
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 15384 / Num. unique all: 2274 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.239 / Rrim(I) all: 0.63 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JC4

2jc4


解像度: 2.297→41.566 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1199 4.98 %
Rwork0.1985 --
obs0.2001 24060 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.297→41.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 317 8 65 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6163441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.581412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2974-2.38940.37711310.29992410X-RAY DIFFRACTION96
2.3894-2.49810.31681370.27112452X-RAY DIFFRACTION99
2.4981-2.62980.29381160.23942478X-RAY DIFFRACTION98
2.6298-2.79450.26251290.23232495X-RAY DIFFRACTION99
2.7945-3.01030.26971110.22692531X-RAY DIFFRACTION99
3.0103-3.31310.23811280.22652537X-RAY DIFFRACTION99
3.3131-3.79220.2371510.19082550X-RAY DIFFRACTION100
3.7922-4.77670.18561530.16962590X-RAY DIFFRACTION100
4.7767-41.57310.2121430.1742818X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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