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万見
- PDB-6fji: Joint neutron and x-ray crystal structure of human carbonic anhyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fji
タイトルJoint neutron and x-ray crystal structure of human carbonic anhydrase IX mimic (apo).
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / joint X-ray neutron diffraction / carbonic anhydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fisher, S.Z.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Using neutron crystallography to elucidate the basis of selective inhibition of carbonic anhydrase by saccharin and a derivative.
著者: Koruza, K. / Mahon, B.P. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / McKenna, R. / Knecht, W. / Fisher, S.Z.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2662
ポリマ－29,2011
非ポリマー651
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 41.850, 72.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29200.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.2 M sodium citrate 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORILL LADI III12.8 - 4.0
シンクロトロンMAX II I911-221.04
検出器
タイプID検出器日付
LADI III1IMAGE PLATE2015年12月1日
MAR CCD 130 mm2CCD2014年10月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.81
241
31.041
反射

Entry-ID: 6FJI

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)Rrim(I) all
2-401176373.64.20.13718.5
1.6-293178196.12.8217.80.05
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRrim(I) all
2-2.110.051
1.6-1.720.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
LAUEGENデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化

SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 14.94 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4riv

4riv

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.6-26.993X-RAY DIFFRACTION0.16130.12970.13131585317664.9996.1721.36
2.033-28.949NEUTRON DIFFRACTION0.22160.18540.1872582117564.9572.491
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 1 199 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3728705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9481326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006950
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0155074
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3728705
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9481326
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122317
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65160.21581390.17892679X-RAY DIFFRACTION94
1.6516-1.71070.21681480.1592682X-RAY DIFFRACTION95
1.7107-1.77910.19391480.1482705X-RAY DIFFRACTION96
1.7791-1.86010.15661410.142729X-RAY DIFFRACTION96
1.8601-1.95810.16831380.13392700X-RAY DIFFRACTION96
1.9581-2.08080.18531450.1312764X-RAY DIFFRACTION97
2.0808-2.24140.15981540.13152718X-RAY DIFFRACTION96
2.2414-2.46680.17681400.13212786X-RAY DIFFRACTION97
2.4668-2.82340.15961360.13742779X-RAY DIFFRACTION97
2.8234-3.55590.171500.12842807X-RAY DIFFRACTION98
3.5559-26.99710.11811460.10562832X-RAY DIFFRACTION96
2.0328-2.23730.27171220.23122164NEUTRON DIFFRACTION57
2.2373-2.56080.2381170.20122531NEUTRON DIFFRACTION66
2.5608-3.22570.22711540.19632906NEUTRON DIFFRACTION75
3.2257-28.95180.19941890.16183573NEUTRON DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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