PDB-6fjf: Tubulin-FcMaytansine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fjf

タイトル

Tubulin-FcMaytansine complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.402 Å

データ登録者

Menchon, G. / Prota, A.E. / Lucena Angell, D. / Bucher, P. / Mueller, R. / Paterson, I. / Diaz, J.F. / Altmann, K.-H. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A fluorescence anisotropy assay to discover and characterize ligands targeting the maytansine site of tubulin.
著者: Menchon, G. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Bucher, P. / Jansen, R. / Irschik, H. / Muller, R. / Paterson, I. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.0	2025年4月23日	Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.formula

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fjf.cif.gz	911.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fjf.ent.gz	747.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fjf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fiiC 6fjmC 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lsn-d 4o2a-d 6qqn-d 5jcb-d 5xlz-d 6d88-d 4zi7-d 4i50-d 6fii-d 6jcj-d 6hx8-d 5gon-d 6y4m-d 5zxh-d 4o4l-d 6ses-d 6bs2-d 6bry-d 5yl2-d 5cb4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.373, 156.739, 180.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 472分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#12: 化合物	ChemComp-DKE / FcMaytansine 分子量: 1132.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₆₃ClN₆O₁₅
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 10 % PEG 4k, 16 % glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid/imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00036 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00036 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.6 Å / Num. obs: 116072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.216 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 9.96
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 2.586 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 8494 / CC_1/2: 0.277 / R_rim(I) all: 2.814 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2863: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.402→49.547 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	5732	4.94 %
R_work	0.2005	-	-
obs	0.2033	116054	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.402→49.547 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17362	0	278	453	18093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.545	24510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.721	10781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2654
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.402-2.4293	0.4436	196	0.3791	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4293-2.4579	0.3627	195	0.3439	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4579-2.4879	0.3797	206	0.3374	3657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4879-2.5193	0.376	207	0.3219	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5193-2.5525	0.3571	185	0.3149	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5525-2.5875	0.349	172	0.2984	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5875-2.6244	0.3696	226	0.3056	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6244-2.6636	0.3457	189	0.2924	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6636-2.7052	0.3244	197	0.2876	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7052-2.7496	0.3505	185	0.2818	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7496-2.797	0.3107	205	0.2736	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.8478	0.3197	188	0.2671	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8478-2.9026	0.3263	183	0.2617	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9026-2.9618	0.3088	177	0.2618	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9618-3.0262	0.3101	186	0.2529	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0262-3.0966	0.3191	174	0.2396	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0966-3.174	0.3311	190	0.2239	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.174-3.2598	0.2774	168	0.2208	3694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2598-3.3557	0.2668	206	0.208	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3557-3.464	0.2564	188	0.2022	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.5878	0.2636	188	0.1878	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5878-3.7314	0.2426	205	0.1808	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7314-3.9012	0.224	172	0.1626	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9012-4.1067	0.2018	184	0.1569	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1067-4.3639	0.1953	184	0.154	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3639-4.7006	0.1908	182	0.1378	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7006-5.1732	0.2232	165	0.1464	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1732-5.9207	0.238	202	0.176	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9207-7.4554	0.2477	202	0.185	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4554-49.5573	0.1896	225	0.155	3900	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.415	-0.256	-0.4361	3.6111	1.383	2.531	0.0262	0.0529	0.2108	-0.4364	0.3249	-0.4271	-0.6514	0.4815	-0.3029	0.5073	-0.1451	0.0925	0.5061	-0.1631	0.4238	31.5268	85.7556	52.8666
2	2.1948	0.1686	0.7243	3.2924	1.0559	4.2691	0.0657	-0.1224	0.1308	0.3352	-0.0474	0.1631	-0.3651	-0.0608	-0.032	0.4027	0.0107	0.0844	0.3438	-0.0778	0.3705	16.9732	86.0901	70.7339
3	1.2152	0.1132	-0.2399	2.9608	3.0594	4.5221	0.0192	0.0744	-0.1792	0.6026	0.1729	-0.3551	0.5224	0.5947	-0.1827	0.4215	0.1115	-0.0478	0.3554	-0.0703	0.4612	29.5534	61.6938	61.6124
4	2.1651	-0.3483	-0.4798	3.1982	0.8295	2.6774	0.0961	0.1902	0.2744	-0.258	0.0188	-0.0101	-0.4433	0.0777	-0.1169	0.2989	-0.0039	0.0127	0.4127	-0.0657	0.3502	21.4103	60.7784	21.1364
5	2.1054	-0.1305	0.0479	1.6716	1.057	2.8915	-0.1603	-0.0738	-0.0155	0.1156	-0.0374	0.2659	-0.1036	-0.6715	0.1826	0.3345	0.0239	0.0245	0.4894	-0.1258	0.4068	7.4034	59.6569	38.5719
6	0.0416	-0.597	-0.3846	4.6018	4.043	3.5742	-0.0263	-0.0129	-0.1417	0.6516	-0.0164	0.0794	0.8689	0.2759	0.006	0.4078	0.0302	-0.0223	0.4187	-0.0324	0.3952	22.6708	37.3973	30.9985
7	1.0383	-0.3653	-0.1854	2.2861	0.1599	1.6093	-0.0164	0.1368	0.1127	-0.1797	0.0797	-0.0618	-0.1283	0.056	-0.0551	0.2413	-0.0642	0.0226	0.3422	-0.042	0.2942	19.9013	32.3889	-11.5582
8	1.1823	-0.3891	0.5907	1.2064	0.7725	2.4206	0.0034	-0.1197	0.132	0.0672	-0.1363	0.2336	0.0489	-0.3966	0.1262	0.2752	-0.0529	0.0335	0.3754	-0.0403	0.3788	2.3368	30.8259	3.5483
9	2.3041	-2.1006	-2.2015	3.4144	3.8106	5.9192	-0.1029	-0.1085	-0.062	0.416	0.1538	-0.0523	0.5392	0.2349	-0.0689	0.2883	0.023	-0.0107	0.2495	-0.0013	0.3109	22.2346	10.482	2.2586
10	2.1863	-0.3114	-0.2287	3.0852	0.2032	1.7066	-0.0869	0.5102	-0.0759	-0.5018	0.1297	-0.2083	0.216	0.1513	-0.0342	0.5045	-0.0667	0.0825	0.6016	-0.131	0.3366	23.8472	1.9896	-39.7039
11	1.408	-0.2935	-0.5971	1.825	0.9015	2.7019	-0.1322	0.3264	-0.1832	-0.168	0.0087	0.1695	0.3614	-0.4425	0.121	0.4322	-0.0899	0.0198	0.4526	-0.0916	0.3372	7.3837	-0.9223	-24.6225
12	2.6724	-1.881	-3.479	2.5413	3.0901	5.9198	-0.2967	0.2285	-0.5912	0.0236	0.1991	-0.263	1.0912	0.4186	0.1337	0.78	0.0426	0.0835	0.5414	-0.2038	0.6489	28.3364	-18.9899	-26.3753
13	2.7993	-1.7765	0.514	8.7757	-4.888	2.8883	-0.1638	-0.2429	-0.0609	1.6533	-0.1378	-0.0956	-0.3284	0.6619	0.1869	0.9146	-0.0302	0.0444	0.6784	-0.1441	0.4637	25.4812	94.5895	84.2024
14	1.7697	3.8444	3.895	7.2409	7.7274	8.245	0.2898	-0.2026	0.1125	0.5006	0.3237	-0.5602	0.4979	0.3324	-0.5788	0.3739	0.0758	0.0177	0.7475	-0.2844	0.7529	43.4474	55.0393	34.188
15	-0.0938	-1.413	-1.6576	4.6173	5.6142	5.7154	-0.1033	0.0034	-0.0553	0.3098	0.187	-0.1128	0.4441	0.3464	-0.2712	0.6646	0.091	0.0816	0.7871	-0.2649	0.7209	42.5896	5.5864	-19.8226
16	2.4348	1.9491	-0.3593	5.6741	1.718	3.5169	-0.545	0.4441	-0.6446	-0.5943	0.2785	-0.1724	1.253	-0.5302	0.2035	0.9656	-0.1654	0.1588	0.5898	-0.1581	0.561	6.4201	54.1091	69.7882
17	2.104	-0.1503	-0.1928	3.1632	-0.9603	3.33	0.019	-0.7483	-0.5293	0.7348	-0.4156	-0.8014	0.3216	1.6015	0.3925	0.8176	0.1748	-0.0952	1.1823	0.2516	0.778	15.3875	57.0292	105.2674
18	2.4261	0.7709	-1.9681	2.0776	-0.6131	2.122	-0.4814	0.0004	-0.6233	0.2311	0.2085	-0.0267	0.8929	-0.1025	0.0751	0.8462	-0.004	0.1417	0.3904	0.0255	0.6055	-1.3635	52.9879	93.4942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 436)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 436)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 436)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 7 through 28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 45 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 144)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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