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万見
- PDB-6fip: Solution NMR structure of Pseudomonas aeruginosa TonB CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fip
タイトルSolution NMR structure of Pseudomonas aeruginosa TonB CTD
要素Protein TonB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TonB / TonB box / Gram-negative bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


energy transducer activity / type IV pilus-dependent motility / iron import into cell / siderophore transport / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / plasma membrane protein complex / single-species biofilm formation / cellular response to antibiotic / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
TolA/TonB C-terminal domain / TonB / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Oeemig, J.S. / Samuli Ollila, O.H. / Heikkinen, H.A. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland1131413 フィンランド
Academy of Finland1137995 フィンランド
引用ジャーナル: PeerJ / 年: 2018
タイトル: NMR structure of the C-terminal domain of TonB protein fromPseudomonas aeruginosa.
著者: Oeemig, J.S. / Ollila, O.H.S. / Iwai, H.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TonB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5031
ポリマ－11,5031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7160 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein TonB


分子量: 11503.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tonB, PA5531 / プラスミド: pFGRSF15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2556 / 参照: UniProt: Q51368

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC
1101isotropic13D HNCA
191isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D (H)CCH-COSY
171isotropic12D 1H-13C HSQC ct
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1141isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D (H)CCCO)NH
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY
1191isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1181isotropic1(HB)CB(CGCD)HD
1171isotropic1(HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PaTonB96, 90% H2O/10% D2O
Label: FGRSF15 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: PaTonB96 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.1CCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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