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万見
- PDB-6fie: Crystallographic structure of calcium loaded Calbindin-D28K. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fie
タイトルCrystallographic structure of calcium loaded Calbindin-D28K.
要素Calbindin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium Binding Protein / Buffer / IMPase / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric connecting tubule development / calcium ion binding involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium ion binding involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / metanephric distal convoluted tubule development / metanephric part of ureteric bud development / cuticular plate / retina layer formation / response to auditory stimulus / vitamin D binding / stereocilium ...metanephric connecting tubule development / calcium ion binding involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium ion binding involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / metanephric distal convoluted tubule development / metanephric part of ureteric bud development / cuticular plate / retina layer formation / response to auditory stimulus / vitamin D binding / stereocilium / metanephric collecting duct development / short-term memory / cochlea development / long-term memory / postsynaptic cytosol / presynaptic cytosol / calyx of Held / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / locomotory behavior / GABA-ergic synapse / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / synapse / glutamatergic synapse / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calbindin / : / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Calbindin / : / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Calbindin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Noble, J.W. / Almalki, R. / Roe, S.M. / Wagner, A. / Dumanc, R. / Atack, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: The X-ray structure of human calbindin-D28K: an improved model.
著者: Noble, J.W. / Almalki, R. / Roe, S.M. / Wagner, A. / Duman, R. / Atack, J.R.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Calbindin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5716
ポリマ－30,3521
非ポリマー2185
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.617, 104.222, 29.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Calbindin / Calbindin D28 / D-28K / Vitamin D-dependent calcium-binding protein / avian-type


分子量: 30352.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALB1, CAB27 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: P05937
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sample: 41.6mg/ml Calbindin-D28k in 1mM CaCl 5mM Tris pH8.0 (HCl). Reservoir: 0.1M Potassium thiocyanate and 30% w/v PEG 2000 MME.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→29.61 Å / Num. obs: 41505 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/av σ(I): 14.4 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2048 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 0.996 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
autoPROCデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: I23 Partial Model

解像度: 1.51→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2023 4.88 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 41490 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2425 Å20 Å20 Å2
2--0.1091 Å20 Å2
3---0.1334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.51→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 7 177 2180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013980HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.017169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d896SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes582HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3980HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion268SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4472SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 115 4.1 %
Rwork0.223 2689 -
all0.223 2804 -
obs--90.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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