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万見
- PDB-6fib: Structure of human 4-1BB ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fib
タイトルStructure of human 4-1BB ligand
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,4-1BBL -CH/CL fusion
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,Uncharacterized protein
キーワードCYTOKINE / Signal anchor / TNF family
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / regulation of apoptotic process / immune response ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / regulation of apoptotic process / immune response / signaling receptor binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / : ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Joseph, C. / Claus, C. / Ferrara, C. / von Hirschheydt, T. / Prince, C. / Funk, D. / Klein, C. / Benz, J.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Tumor-targeted 4-1BB agonists for combination with T cell bispecific antibodies as off-the-shelf therapy.
著者: Claus, C. / Ferrara, C. / Xu, W. / Sam, J. / Lang, S. / Uhlenbrock, F. / Albrecht, R. / Herter, S. / Schlenker, R. / Husser, T. / Diggelmann, S. / Challier, J. / Mossner, E. / Hosse, R.J. / ...著者: Claus, C. / Ferrara, C. / Xu, W. / Sam, J. / Lang, S. / Uhlenbrock, F. / Albrecht, R. / Herter, S. / Schlenker, R. / Husser, T. / Diggelmann, S. / Challier, J. / Mossner, E. / Hosse, R.J. / Hofer, T. / Brunker, P. / Joseph, C. / Benz, J. / Ringler, P. / Stahlberg, H. / Lauer, M. / Perro, M. / Chen, S. / Kuttel, C. / Bhavani Mohan, P.L. / Nicolini, V. / Birk, M.C. / Ongaro, A. / Prince, C. / Gianotti, R. / Dugan, G. / Whitlow, C.T. / Solingapuram Sai, K.K. / Caudell, D.L. / Burgos-Rodriguez, A.G. / Cline, J.M. / Hettich, M. / Ceppi, M. / Giusti, A.M. / Crameri, F. / Driessen, W. / Morcos, P.N. / Freimoser-Grundschober, A. / Levitsky, V. / Amann, M. / Grau-Richards, S. / von Hirschheydt, T. / Tournaviti, S. / Molhoj, M. / Fauti, T. / Heinzelmann-Schwarz, V. / Teichgraber, V. / Colombetti, S. / Bacac, M. / Zippelius, A. / Klein, C. / Umana, P.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,4-1BBL -CH/CL fusion
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4973
ポリマ－82,4973
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.592, 119.592, 104.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 19439.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P41273
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,4-1BBL -CH/CL fusion / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 32892.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P41273
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9,Uncharacterized protein / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 30164.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P41273, UniProt: A8K008
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8.5, 20% PEG1000, 0.009M BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.697→103.6 Å / Num. obs: 14507 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 108.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.697→3.042 Å / 冗長度: 11 % / Num. unique obs: 725 / CC1/2: 0.703 / Rsym value: 1.403 / % possible all: 64.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x29

2x29


解像度: 2.7→103.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.773 / SU Rfree Blow DPI: 0.325 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 696 4.8 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.169 14504 61.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0346 Å20 Å20 Å2
2--0.0346 Å20 Å2
3----0.0692 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→103.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 0 82 3347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013330HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.294521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1102SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes561HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3330HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion412SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3553SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.91 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 -5.05 %
Rwork0.2622 282 -
all0.2677 297 -
obs--6.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0393-0.7291-1.47984.1665-0.1474.14010.01420.19170.0006-0.0096-0.0505-0.3695-0.38180.21680.03630.0161-0.04690.0396-0.2312-0.0019-0.1875-54.868934.1846-4.9849
24.4053-0.77852.73473.7571-1.39447.2866-0.00740.0458-0.1397-0.460.0553-0.19420.62680.3064-0.0479-0.16110.0280.0953-0.2711-0.0045-0.2589-50.189416.697-18.9229
33.861.4967-0.81796.29750.05454.1212-0.0989-0.13570.15050.50620.0555-0.0028-0.12710.12410.0434-0.09280.1287-0.0211-0.22270.0634-0.1828-56.518212.88362.979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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