PDB-4kdx: Crystal structure of a glutathione transferase family member from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kdx

タイトル

Crystal structure of a glutathione transferase family member from burkholderia graminis, target efi-507264, bound gsh, ordered domains, space group p21, form(1)

要素

Glutathione S-transferase domain

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia graminis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from burkholderia graminis, target efi-507264, bound gsh, ordered domains, space group P21, form(1)
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kdx.cif.gz	260.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kdx.ent.gz	213.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kdx_validation.pdf.gz	1017.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kdx_full_validation.pdf.gz	1019.3 KB	表示
XML形式データ	4kdx_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	4kdx_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ielS 4kdu 4ke3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gh6-d 4ibp-d 2pvq-d 4kdu-1 4dne-d 3mak-d 3f6f-d 1r5a-d 2nto-d 3m3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-507264

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase domain

B: Glutathione S-transferase domain

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutathione S-transferase domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.844, 56.107, 67.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase domain 分子量: 26086.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia graminis (バクテリア) 株: C4D1M / 遺伝子: BgramDRAFT_2467 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1FZ96
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: Protein (10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (0.2 M AmmoniumAcetate 0.1 M HEPES pH 7.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol) , VAPOR ...詳細: Protein (10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (0.2 M AmmoniumAcetate 0.1 M HEPES pH 7.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol) , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %

結晶化

温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (0.2 M AmmoniumAcetate 0.1 M HEPES pH 7.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol) , VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器	検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→200 Å / Num. obs: 93495 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IEL

4iel

解像度: 1.35→24.32 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	4679	5 %
R_work	0.148	-	-
obs	0.148	93495	91.5 %
all	-	93495	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→24.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3320	0	52	458	3830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	4782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.382	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3502-1.3656	0.3452	69	0.2426	1543	X-RAY DIFFRACTION	48
1.3656-1.3816	0.2384	95	0.2231	1667	X-RAY DIFFRACTION	53
1.3816-1.3985	0.2555	118	0.2015	2015	X-RAY DIFFRACTION	62
1.3985-1.4162	0.213	111	0.1879	2300	X-RAY DIFFRACTION	71
1.4162-1.4348	0.2223	139	0.1898	2510	X-RAY DIFFRACTION	79
1.4348-1.4545	0.2338	137	0.2015	2776	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4545-1.4753	0.2204	162	0.2007	2949	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4753-1.4973	0.1978	156	0.1808	3051	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4973-1.5207	0.1978	128	0.183	3100	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5207-1.5456	0.2171	166	0.1845	3052	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5456-1.5722	0.194	172	0.1574	3150	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5722-1.6008	0.1891	152	0.1466	3099	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6008-1.6316	0.1721	145	0.1453	3112	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6316-1.6649	0.1696	156	0.1413	3172	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6649-1.7011	0.19	158	0.1396	3124	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7011-1.7407	0.1692	181	0.142	3162	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7407-1.7842	0.1703	178	0.1415	3160	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7842-1.8324	0.1717	172	0.1368	3178	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8324-1.8863	0.1635	176	0.1388	3182	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8863-1.9472	0.1644	169	0.1571	3160	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9472-2.0167	0.172	197	0.1415	3164	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0167-2.0974	0.1555	175	0.139	3190	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0974-2.1928	0.1602	157	0.1381	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1928-2.3084	0.1748	162	0.1401	3224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3084-2.4529	0.1515	188	0.1286	3226	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4529-2.642	0.1535	188	0.1281	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.642-2.9075	0.1423	149	0.1432	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9075-3.3273	0.1511	174	0.1432	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3273-4.1886	0.1597	186	0.1346	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1886-24.3262	0.1622	163	0.1646	3334	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1014	-0.381	-0.5461	1.2596	0.326	1.8741	0.0172	0.0333	0.0702	-0.082	-0.0188	-0.1705	-0.0466	0.1825	-0.0021	0.0689	-0.0089	0.01	0.0894	0.0058	0.0773	28.2164	21.0101	15.9648
2	1.4248	0.2046	0.2483	1.9334	-0.2361	1.9821	0.0217	0.2398	0.0059	-0.3906	0.0738	0.1845	0.1405	-0.0807	-0.0589	0.1424	0.0067	-0.0397	0.1007	-0.0137	0.1433	10.0114	17.4519	5.4981
3	1.3586	0.0179	0.0922	1.4858	-0.0025	1.4328	-0.0348	0.0798	0.211	-0.1824	0.0296	0.301	-0.0807	-0.1265	0.0279	0.1037	0.0107	-0.0326	0.0802	0.0085	0.1477	10.5877	29.494	10.4541
4	2.8016	-0.4391	0.9933	2.631	-0.442	2.2843	0.0826	-0.1314	-0.1808	0.01	-0.0259	0.2362	0.1033	-0.2056	-0.0355	0.0911	-0.0153	-0.0052	0.0983	0.0013	0.1305	6.5766	-1.5376	21.8619
5	3.4919	-0.7888	3.6476	1.1203	-0.2204	6.8561	0.1917	-0.1254	-0.3068	-0.1191	-0.1036	0.4443	0.3725	-0.4639	-0.0516	0.1829	-0.0475	-0.0341	0.1931	0.0068	0.2715	-3.4126	-1.3024	17.8874
6	2.0244	0.0423	0.9242	1.229	-0.0555	1.6909	-0.0021	-0.1108	0.0341	-0.0007	0.0127	0.267	-0.0098	-0.2368	-0.0074	0.0872	-0.0021	0.0132	0.1178	0.0005	0.1259	5.9348	8.1638	23.4228
7	1.6579	0.1563	-0.4699	3.1689	1.2656	4.4183	0.0341	-0.0621	-0.0414	0.1162	0.0433	-0.1363	0.024	0.1947	-0.0615	0.0835	0.0072	0.0106	0.0815	0.0059	0.0869	23.2523	9.1036	20.7305
8	2.638	0.9889	0.5331	2.3078	0.3941	4.1872	0.1914	0.3504	0.0936	-0.2158	-0.1775	0.446	0.1664	-0.3047	0.0042	0.1635	0.0576	-0.0379	0.1783	-0.0213	0.1723	12.9632	-1.5228	0.8775
9	3.0319	-0.1202	2.7192	1.5757	0.1378	7.5272	0.0487	0.375	-0.046	-0.2422	-0.0548	-0.0075	-0.156	0.2904	-0.0087	0.1377	0.0418	0.0351	0.1371	-0.0068	0.1113	26.1735	-0.5115	5.8963
10	1.2831	0.2726	0.2508	1.4017	0.2778	1.6593	-0.0209	0.0316	-0.1751	-0.0455	-0.0258	-0.013	0.2415	0.0881	0.0564	0.1213	0.0248	0.0142	0.0793	-0.0003	0.097	21.2072	-7.0346	17.3122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 86 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 87 through 149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 207 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 23 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 87 through 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 103 through 124 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 125 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 150 through 207 )

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)