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- PDB-6fhd: Crystal Structure of the Amyloid-like, out-of-register beta-sheet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fhd
タイトルCrystal Structure of the Amyloid-like, out-of-register beta-sheets, polymorph of the LFKFFK segment from the S. aureus PSMalpha3
要素Psm alpha-3
キーワードPROTEIN FIBRIL / Out-of-register beta-sheets / amyloid-like / bacterial amyloid fibril / S. aureus / PSM
機能・相同性: / Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin alpha 3 peptide
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
Model detailsPhenol Soluble Modulin
データ登録者Landau, M. / Salinas, N.
資金援助 イスラエル, 4件
組織認可番号国
Israel Science Foundation560/16 イスラエル
Deutsch-IsraelischeProjektkooperation (DIP)3655/1-1 イスラエル
I-CORE Program of the Planning and Budgeting Committee and The Israel Science Foundation1775/12 イスラエル
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2013254 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Extreme amyloid polymorphism in Staphylococcus aureus virulent PSM alpha peptides.
著者: Salinas, N. / Colletier, J.P. / Moshe, A. / Landau, M.
履歴
登録2018年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8775
ポリマ－1,6622
非ポリマー2153
水905
1
B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子

B: Psm alpha-3
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,79090
ポリマ－29,91836
非ポリマー3,87254
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_525x,y-3,z1
crystal symmetry operation1_515x,y-4,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation1_585x,y+3,z1
crystal symmetry operation1_595x,y+4,z1
crystal symmetry operation4_748-x+5/2,y-1/2,-z+31
crystal symmetry operation4_758-x+5/2,y+1/2,-z+31
crystal symmetry operation4_738-x+5/2,y-3/2,-z+31
crystal symmetry operation4_728-x+5/2,y-5/2,-z+31
crystal symmetry operation4_718-x+5/2,y-7/2,-z+31
crystal symmetry operation4_768-x+5/2,y+3/2,-z+31
crystal symmetry operation4_778-x+5/2,y+5/2,-z+31
crystal symmetry operation4_788-x+5/2,y+7/2,-z+31
crystal symmetry operation4_798-x+5/2,y+9/2,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)41.030, 11.730, 24.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

NA

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Psm alpha-3


分子量: 831.054 Da / 分子数: 2
断片: LFKFFK from PSMalpha3 (residues 7-12) secreted by S. aureus
由来タイプ: 合成 / 詳細: LFKFFK from PSMalpha3, synthesized
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BRQ7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.96 % / 解説: Needle-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1 M Sodium acetate pH 5.1 , 45 %w/v PEG 400, 0.09 M LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.3 Å / Num. obs: 913 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 17.636 % / Biso Wilson estimate: 19.453 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rrim(I) all: 0.292 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 9.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.9617.50.5475.611480.9460.56391.9
1.96-2.118.4210.3727.631330.9490.383100
2.1-2.2717.6280.338.61290.9860.3499.2
2.27-2.4816.7460.3298.031140.9790.3494.2
2.48-2.7818.1760.3019.471080.9890.31199.1
2.78-3.218.4180.26111.19910.9750.26897.8
3.2-3.9217.8440.22812.77900.9940.23495.7
3.92-5.5517.1380.27313.48650.9930.28197
5.55-19.314.8570.2199.71350.9980.23287.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ideal beta-strand of poly-alanine

解像度: 1.85→19.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.435 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.2321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.147
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1869 92 10.1 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1728 821 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 34.14 Å2 / Biso mean: 11.819 Å2 / Biso min: 6.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.53 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→19.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数120 0 11 5 136
Biso mean--28.99 23.51 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8932.05172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5083302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.292510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.695206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1161526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.0240
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 8 -
Rwork0.297 73 -
all-81 -
obs--98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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