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- PDB-6fhb: Death-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fhb
タイトルDeath-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regulatory domains with S289A and S308E mutations
要素Death-associated protein kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / kinase / apoptosis / autophagy / CaMK
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / defense response to tumor cell / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / defense response to tumor cell / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / protein autophosphorylation / actin cytoskeleton / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / calmodulin binding / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / postsynaptic density / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / glutamatergic synapse / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily ...Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Death-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Huart, A.-S. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanisms behind DAPK regulation: how phosphorylation switches work
著者: Huart, A.-S. / Simon, B. / Lubner, J. / Mertens, H.D.T. / Temmerman, K. / Hoffmann, J.-E. / Svergun, D.I. / Schwartz, D. / Schultz, C. / Wilmanns, M.
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,16410
ポリマ－38,7051
非ポリマー4599
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.507, 76.653, 108.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 1 / DAP kinase 1


分子量: 38705.367 Da / 分子数: 1 / 変異: S289A S308E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK1, DAPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 206分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % / 解説: cuboid
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.07166 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.301→50 Å / Num. obs: 141555 / % possible obs: 71.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 1.6 % / Num. unique all: 1403 / % possible all: 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE1.9_1692データ収集
XDSデータ削減
Aimless7.0.021データスケーリング
Coot0.8.6モデル構築
PHENIX1.9-1962精密化
PHASERPhenix 1.9-1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B4L

4b4l


解像度: 1.75→45.005 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 2029 4.83 %
Rwork0.187 --
obs0.1887 42021 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2441 0 23 197 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9933418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.345974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.33121560.26982797X-RAY DIFFRACTION99
1.7938-1.84230.28591450.23762812X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.89650.25571460.21662847X-RAY DIFFRACTION100
1.8965-1.95770.22991340.2122807X-RAY DIFFRACTION100
1.9577-2.02770.20791390.19782834X-RAY DIFFRACTION100
2.0277-2.10890.28121500.19272834X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.20480.22331370.19032840X-RAY DIFFRACTION99
2.2048-2.32110.19961440.19572855X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.46650.26891580.20572843X-RAY DIFFRACTION100
2.4665-2.65690.24781510.20282837X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-2.92420.2441480.19932844X-RAY DIFFRACTION99
2.9242-3.34730.20531590.19212871X-RAY DIFFRACTION100
3.3473-4.21670.2081190.16622917X-RAY DIFFRACTION98
4.2167-45.01950.19011430.17053051X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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