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万見
- PDB-6fgn: Solution Structure of p300Taz2-p63TA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgn
タイトルSolution Structure of p300Taz2-p63TA
要素Histone acetyltransferase p300,Tumor protein 63
キーワードANTITUMOR PROTEIN / p300 / CREB Binding protein / p53 family / p63 / p73
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / negative regulation of keratinocyte differentiation / protein propionyltransferase activity / polarized epithelial cell differentiation / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / proximal/distal pattern formation / thigmotaxis / positive regulation of fibroblast apoptotic process / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of TORC2 signaling / sympathetic nervous system development / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cranial skeletal system development / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / post-anal tail morphogenesis / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / histone H3K27 acetyltransferase activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / embryonic forelimb morphogenesis / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / protein-lysine-acetyltransferase activity / WW domain binding / hair follicle morphogenesis / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / epithelial cell development / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / regulation of epidermal cell division / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / PI5P Regulates TP53 Acetylation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : ...Tumour protein p63, SAM domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase p300 / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Gebel, J. / Kazemi, S. / Lohr, F. / Guntert, P. / Dotsch, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationDO 545/13 1 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Regulation of the Activity in the p53 Family Depends on the Organization of the Transactivation Domain.
著者: Krauskopf, K. / Gebel, J. / Kazemi, S. / Tuppi, M. / Lohr, F. / Schafer, B. / Koch, J. / Guntert, P. / Dotsch, V. / Kehrloesser, S.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300,Tumor protein 63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0304
ポリマ－13,8341
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300,Tumor protein 63 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein propionyltransferase p300 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 13834.022 Da / 分子数: 1 / 断片: Taz2,transactivation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300, TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q09472, UniProt: Q9H3D4, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic43D 1H-15N NOESY
141isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic42D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(COCA)CB
191isotropic23D HNCO
1101isotropic23D H(CCO)NH TOCSY
1111isotropic23D C(CO)NH TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1200 mM [U-13C; U-15N] Fusion construct of p300 Taz2 and the transactivation domain of p63, 25 mM MES, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1200 mMFusion construct of p300 Taz2 and the transactivation domain of p63[U-13C; U-15N]1
25 mMMESnatural abundance1
200 mMNaClnatural abundance1
0.5 mMTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: condition_1 / pH: 6.3 / 圧: AMBIENT mbar / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Sparky3.13T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Franciscochemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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