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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fgb | ||||||
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タイトル | Human FcRn extra-cellular domain complexed with Fab fragment of Rozanolixizumab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / FcRn / rozanolixizumab / ECD / Fab | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sarkar, K. / Ceska, T. / Meier, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: MAbs / 年: 2018 タイトル: Generation and characterization of a high affinity anti-human FcRn antibody, rozanolixizumab, and the effects of different molecular formats on the reduction of plasma IgG concentration. 著者: Smith, B. / Kiessling, A. / Lledo-Garcia, R. / Dixon, K.L. / Christodoulou, L. / Catley, M.C. / Atherfold, P. / D'Hooghe, L.E. / Finney, H. / Greenslade, K. / Hailu, H. / Kevorkian, L. / ...著者: Smith, B. / Kiessling, A. / Lledo-Garcia, R. / Dixon, K.L. / Christodoulou, L. / Catley, M.C. / Atherfold, P. / D'Hooghe, L.E. / Finney, H. / Greenslade, K. / Hailu, H. / Kevorkian, L. / Lightwood, D. / Meier, C. / Munro, R. / Qureshi, O. / Sarkar, K. / Shaw, S.P. / Tewari, R. / Turner, A. / Tyson, K. / West, S. / Shaw, S. / Brennan, F.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fgb.cif.gz | 168.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fgb.ent.gz | 130.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fgb_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fgb_full_validation.pdf.gz | 469.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fgb_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fgb_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3m17S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37366.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P55899 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P61769 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#3: 抗体 | 分子量: 23905.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#4: 抗体 | 分子量: 24216.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 3種, 31分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.5, 11% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 24590 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3M17 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 17.119 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.462 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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