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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ffr | ||||||||||||||||||||
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タイトル | DNA-RNA Hybrid Quadruplex with Flipped Tetrad | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA/RNA (5'-R(*キーワード | DNA-RNA HYBRID / quadruplex | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing / simulated annealing | データ登録者 | Haase, L. / Dickerhoff, J. / Weisz, K. | 引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2018 | タイトル: DNA-RNA Hybrid Quadruplexes Reveal Interactions that Favor RNA Parallel Topologies. 著者: Haase, L. / Dickerhoff, J. / Weisz, K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ffr.cif.gz | 142.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ffr.ent.gz | 116.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ffr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ffr_validation.pdf.gz | 320.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ffr_full_validation.pdf.gz | 361.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ffr_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ffr_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ffr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ffr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 7004.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |