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- PDB-6ffj: Anti-tumor antibody 14F7-derived single chain fragment variable (scFv) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffj
タイトルAnti-tumor antibody 14F7-derived single chain fragment variable (scFv)
要素14F7-derived scFv
キーワードANTITUMOR PROTEIN / ganglioside / scfv / antibody fragment / single chain fragment variable / immuno therapy / 14F7 / gm3
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bjerregaard-Andersen, K. / Heggelund, J.E. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an L chain optimised 14F7 anti-ganglioside Fv suggests a unique tumour-specificity through an unusual H-chain CDR3 architecture.
著者: Bjerregaard-Andersen, K. / Johannesen, H. / Abdel-Rahman, N. / Heggelund, J.E. / Hoas, H.M. / Abraha, F. / Bousquet, P.A. / Hoydahl, L.S. / Burschowsky, D. / Rojas, G. / Oscarson, S. / Loset, G.A. / Krengel, U.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14F7-derived scFv
C: 14F7-derived scFv
E: 14F7-derived scFv
G: 14F7-derived scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4654
ポリマ－112,4654
非ポリマー00
水4,576254
1
A: 14F7-derived scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1161
ポリマ－28,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 14F7-derived scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1161
ポリマ－28,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 14F7-derived scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1161
ポリマ－28,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 14F7-derived scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1161
ポリマ－28,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.798, 119.066, 68.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
14F7-derived scFv


分子量: 28116.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Humanized antibody fragment / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFKPEN / 詳細 (発現宿主): co-expresses E. coli chaperone FkpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 Blue
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, 0.02 M 1,6-hexandiol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3- ...詳細: 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, 0.02 M 1,6-hexandiol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.1 M bicine/tris base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1,03320
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
233201
反射解像度: 2.2→46.71 Å / Num. obs: 49026 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 37.78 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4880 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.653 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MxCuBEデータ収集
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UMT

3umt


解像度: 2.2→46.708 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 2495 5.14 %Random
Rwork0.1836 ---
obs0.1865 48584 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7194 0 0 254 7448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06510001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7922673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24230.35291370.29172468X-RAY DIFFRACTION93
2.2423-2.28810.32551460.2652635X-RAY DIFFRACTION95
2.2881-2.33780.32781620.25122471X-RAY DIFFRACTION93
2.3378-2.39220.32761500.23982530X-RAY DIFFRACTION94
2.3922-2.4520.29281460.23322565X-RAY DIFFRACTION94
2.452-2.51830.27511220.22882557X-RAY DIFFRACTION94
2.5183-2.59240.29111100.22972562X-RAY DIFFRACTION93
2.5924-2.67610.27781540.21012587X-RAY DIFFRACTION95
2.6761-2.77170.28151220.20652595X-RAY DIFFRACTION96
2.7717-2.88270.27971630.20372567X-RAY DIFFRACTION95
2.8827-3.01390.23521240.21132639X-RAY DIFFRACTION95
3.0139-3.17270.30131300.20622541X-RAY DIFFRACTION94
3.1727-3.37150.27551270.20442650X-RAY DIFFRACTION96
3.3715-3.63170.2571530.18082557X-RAY DIFFRACTION94
3.6317-3.9970.19451510.16472572X-RAY DIFFRACTION94
3.997-4.57490.18791360.13752548X-RAY DIFFRACTION93
4.5749-5.76220.17661320.1282542X-RAY DIFFRACTION93
5.7622-46.71890.18531300.16472503X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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