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- PDB-6fej: Anabaena Apo-C-Terminal Domain Homolog Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fej
タイトルAnabaena Apo-C-Terminal Domain Homolog Protein
要素All4940 protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / carotene cyanobacteria photoprotection urea
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UREA / All4940 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Harris, D. / Wilson, A. / Muzzopappa, F. / Kirilovsky, D. / Adir, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
ISF 843/16 イスラエル
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Structural rearrangements in the C-terminal domain homolog of Orange Carotenoid Protein are crucial for carotenoid transfer.
著者: Harris, D. / Wilson, A. / Muzzopappa, F. / Sluchanko, N.N. / Friedrich, T. / Maksimov, E.G. / Kirilovsky, D. / Adir, N.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: All4940 protein
B: All4940 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7665
ポリマ－26,5862
非ポリマー1803
水27015
1
A: All4940 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4133
ポリマ－13,2931
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: All4940 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3532
ポリマ－13,2931
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: All4940 protein
ヘテロ分子

B: All4940 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7665
ポリマ－26,5862
非ポリマー1803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445x-y-1,-y-1,-z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.080, 81.080, 162.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 All4940 protein


分子量: 13292.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
遺伝子: all4940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YMJ3
#2: 化合物 ChemComp-URE / UREA


分子量: 60.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: elongated hexagonal rod
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1M citric acid 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月21日
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→70.22 Å / Num. obs: 8819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.935 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1247 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.142 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UI2

5ui2


解像度: 2.75→70.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.408
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2921 959 10.9 %RANDOM
Rwork0.2409 ---
obs0.2465 7807 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.62 Å2 / Biso mean: 67.309 Å2 / Biso min: 22.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→70.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 12 15 1855
Biso mean--78.36 45.17 -
残基数----242
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 57 -
Rwork0.279 562 -
all-619 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5033-1.2670.90824.01920.17175.587-0.10180.56650.3266-0.3824-0.02750.2823-0.4438-0.2050.12920.09870.0187-0.03720.20820.05450.0586-5.441-32.585-10.614
26.12390.1043-1.1314.379-2.15395.4941-0.3613-0.77370.32360.38520.0793-0.1994-0.42840.40950.28210.09330.0452-0.05230.2544-0.07390.06073.441-31.75611.252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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