PDB-6fdq: Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fdq

タイトル

Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to Compound 5

要素

Deubiquitinase and deneddylase Dub1

キーワード

HYDROLASE / ChlaDUB1 / CE protease / DUB / Ubiquitin / covalent inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein deubiquitination / host cell / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis serovar L2 (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ramirez, Y. / Kisker, C. / Altmann, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition and Covalent Inhibition of Cdu1 from Chlamydia trachomatis.
著者: Ramirez, Y.A. / Adler, T.B. / Altmann, E. / Klemm, T. / Tiesmeyer, C. / Sauer, F. / Kathman, S.G. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Kisker, C.

履歴

登録	2017年12月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fdq.cif.gz	214.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fdq.ent.gz	172.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fdkC 6fduC 5b5qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fdu-1 5b5q-1 6fdu-2 1z9d-1 5f2z-2 6b00-d 1byq-d 2xms-d 2oki-d 1cf7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

B: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.590, 57.037, 114.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 163 - 400 / Label seq-ID: 28 - 265

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Deubiquitinase and deneddylase Dub1 / ChlaDub1 分子量: 30534.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2 (strain 434/Bu / ATCC VR-902B) (トラコーマクラミジア) 株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: cdu1, CTL0247 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B0B9A0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-2UQ / N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide 分子量: 240.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂N₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bicine pH 9.0, 10% PEG 20000, 2% 1, 4 dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→43.44 Å / Num. obs: 24597 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.07289 / R_rim(I) all: 0.1031 / Net I/σ(I): 3.57
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2391 / CC_1/2: 0.755 / R_rim(I) all: 0.693 / % possible all: 95.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B5Q

5b5q

解像度: 2.3→43.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 27.398 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.281 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28397	1142	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22924	-	-	-
obs	0.23185	23430	97.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.786 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2 Å²	-0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-1.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3920	0	36	153	4109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.018	1.976	5595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	3	8839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.358	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.956	24.091	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.235	15	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.829	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.859	1.136	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.859	1.136	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	1.701	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.521	1.7	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.081	1.205	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.081	1.206	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.865	1.768	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.863	14.013	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.839	13.688	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16002 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	70	-
R_work	0.364	1633	-
obs	-	-	94.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1287	0.3079	1.0368	2.5993	0.1006	1.7677	-0.0812	-0.0134	-0.1148	-0.024	0.0165	-0.4893	0.1878	-0.075	0.0646	0.3784	0.0417	-0.3075	0.2747	-0.0717	0.5728	-73.8595	-5.0781	7.4492
2	1.8561	-1.103	0.9271	1.2385	-0.4396	1.2158	-0.0784	-0.0333	0.2222	-0.0308	0.0622	-0.217	-0.0413	-0.0678	0.0162	0.2972	-0.0095	-0.3499	0.3205	-0.0213	0.5645	-71.1094	4.2657	6.4078
3	3.3401	-2.1424	2.7285	2.1764	-2.4423	2.8454	-0.0866	-0.2752	0.1597	0.0725	0.0681	-0.0319	-0.0789	-0.1883	0.0184	0.3632	0.0898	-0.3606	0.347	-0.0495	0.4911	-80.5872	10.1949	17.7486
4	0.8245	-0.1369	0.5805	0.8915	-1.0997	4.6997	-0.038	-0.1701	-0.2081	-0.0852	0.0494	-0.0686	0.1574	-0.2224	-0.0113	0.2751	-0.0008	-0.3029	0.3676	-0.0196	0.4937	-79.3556	-10.1091	16.9312
5	0.8858	0.4158	1.614	1.4303	0.8888	2.9637	0.06	-0.0606	-0.0675	-0.0314	0.0729	0.3012	0.1507	-0.0588	-0.1329	0.3866	-0.0662	-0.4851	0.293	0.103	0.6608	-64.7346	-19.5315	47.3008
6	7.5073	0.5525	6.584	0.0429	0.4488	8.0901	-0.2509	0.088	0.115	-0.0231	0.0314	0.0095	-0.32	0.0047	0.2195	0.4314	-0.0111	-0.1085	0.3271	-0.0199	0.4794	-58.0339	-0.1925	55.1827
7	4.0645	2.0998	1.2156	6.7314	0.6433	0.3742	0.1315	-0.4616	0.2887	0.2023	-0.1466	0.3143	0.0562	-0.148	0.0151	0.3967	0.0227	-0.2427	0.3869	0.0446	0.5328	-58.0713	-6.925	64.2376
8	6.6815	-0.3292	4.2247	0.2145	-0.315	3.3415	-0.9735	-0.2706	-0.3631	0.0699	0.3346	-0.1349	-0.8537	-0.4352	0.6389	0.2267	0.1082	-0.2451	0.5223	-0.3478	1.127	-67.949	-8.3961	45.2965
9	6.896	-0.6404	0.378	0.5541	0.3329	1.0161	-0.2777	-0.187	-0.2237	-0.1509	0.2546	0.1538	-0.0931	-0.2877	0.0231	0.3104	-0.0075	-0.2415	0.4666	0.0862	0.394	-74.4441	-12.3944	45.63
10	3.7572	2.0955	3.5197	1.2947	1.8068	3.631	-0.1157	0.3622	0.0123	0.0547	0.1561	-0.0095	-0.2613	0.207	-0.0403	0.337	0.0081	-0.3321	0.3458	0.0129	0.5051	-56.6901	-1.7008	40.3955
11	2.1472	-0.1391	1.0899	1.9378	0.4189	2.7079	0.3151	0.5048	-0.4519	0.0344	0.0221	-0.1659	0.2484	0.2102	-0.3371	0.323	0.0291	-0.3767	0.3487	-0.0617	0.5022	-57.5711	-18.7727	35.9356
12	1.0477	0.1923	0.7723	1.8573	0.84	6.5151	0.0503	-0.0605	-0.2646	0.2019	0.0838	0.0836	1.0077	-0.0735	-0.1341	0.379	-0.0739	-0.2459	0.2866	0.0708	0.5317	-61.0647	-26.3357	47.9864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	162 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	199 - 282
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	283 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	332 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	155 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	199 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	216 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	239 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	255 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	283 - 331
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	332 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	372 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)