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- PDB-6fdf: Crystal structure of S. pombe Dnmt2 methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fdf
タイトルCrystal structure of S. pombe Dnmt2 methyltransferase
要素tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Dnmt2 / Methyltransferase / S-adenosylhomocysteine / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (cytidine) methyltransferase activity / tRNA (cytosine38-C5)-methyltransferase / tRNA C5-cytosine methylation / tRNA (cytidine-N5)-methyltransferase activity / tRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Johannsson, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP1784 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the stimulation of S. pombe Dnmt2 catalytic efficiency by the tRNA nucleoside queuosine.
著者: Johannsson, S. / Neumann, P. / Wulf, A. / Welp, L.M. / Gerber, H.D. / Krull, M. / Diederichsen, U. / Urlaub, H. / Ficner, R.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年12月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
B: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
C: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
D: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,75319
ポリマ－153,2034
非ポリマー2,55115
水14,988832
1
A: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0536
ポリマ－38,3011
非ポリマー7535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9615
ポリマ－38,3011
非ポリマー6614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8694
ポリマ－38,3011
非ポリマー5693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8694
ポリマ－38,3011
非ポリマー5693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.817, 114.781, 113.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase / DNA (cytosine-5)-methyltransferase-like protein 2 / Dnmt2 / M.SpomI / SpIM.SpoI


分子量: 38300.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pmt1, SPBC19C2.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40999, tRNA (cytosine38-C5)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM MES pH 6.5 1 % w/v PEG 4000 4 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→40.795 Å / Num. obs: 162497 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.492 % / Biso Wilson estimate: 33.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 20.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.83.5740.5092.69255330.8130.59899.3
1.8-1.93.5050.2684.86204180.9310.31799.4
1.9-23.3290.1488.18165900.9750.17699.1
2-2.53.5420.05918.68485820.9960.06999.2
2.5-33.5590.03233.28215440.9980.03899
3-43.3270.02443.18170270.9990.02998.3
4-53.5370.02255.3560930.9980.02698.7
5-63.3870.02255.5127350.9980.02698.3
6-103.2930.02552.7729040.9970.0397.4
10-203.3480.03151.897180.9940.03895.2
20-302.8570.03942.92700.990.04988.6
30-40.7952.1880.02932.9160.9960.03941

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.697→40.795 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2099 1.29 %
Rwork0.1739 --
obs0.1742 162497 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.23 Å2 / Biso mean: 44.8102 Å2 / Biso min: 20.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.697→40.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10266 0 170 832 11268
Biso mean--51.43 49.64 -
残基数----1269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.697-1.73650.27721320.2706101051023794
1.7365-1.77990.25561420.24941080110943100
1.7799-1.8280.27381390.2381063210771100
1.828-1.88180.28971410.22841078710928100
1.8818-1.94260.2391400.2051106871082799
1.9426-2.0120.22911400.198107191085999
2.012-2.09250.22281410.19241074410885100
2.0925-2.18780.21231400.19391074110881100
2.1878-2.30310.23991410.19181072410865100
2.3031-2.44740.19341410.184107571089899
2.4474-2.63630.23181390.1854106891082899
2.6363-2.90160.21971410.1795107521089399
2.9016-3.32120.19041410.1759107391088099
3.3212-4.18380.15741400.1505106971083799
4.1838-40.80690.17211410.1564108241096599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20450.16771.65520.75180.01871.57470.02060.1172-0.1506-0.0480.0544-0.01040.0967-0.0624-0.07990.3035-0.01570.02120.2513-0.04390.2395-41.793415.549197.3639
21.9955-0.309-0.99390.9843-0.12653.33830.05940.06530.0717-0.02450.0106-0.0398-0.00430.1284-0.06960.1837-0.0238-0.00220.1651-0.0210.2228-48.177543.655982.1556
31.5383-0.6967-0.80952.60731.03152.45310.0748-0.0510.14970.07420.0551-0.2427-0.29150.138-0.12470.2501-0.0346-0.02210.223-0.0290.2202-62.373113.052945.2919
43.1573-1.24971.66952.0932-0.79292.3324-0.1019-0.09980.03170.07260.0540.0483-0.1806-0.20.04330.2548-0.03050.01510.265-0.01740.2228-78.4336-16.362555.6275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 335)A6 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 5 through 335)B5 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 6 through 335)C6 - 335
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 6 through 335)D6 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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